住建局备案的施工合同可以和后期重新签订的施工合同不一样，但需视具体情况判断其合法性和效力。以下从不同角度详细分析：
一、备案合同与后期合同一致的情况
在正常合规的建设工程交易中，发包人和承包人遵循法定程序进行招投标，并依据招投标文件签订施工合同。此合同随后提交给建设行政主管部门进行备案。在这种情况下，备案合同与实际履行的施工合同内容通常是一致的，包括合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款。这种做法不仅符合法律法规的要求，还保障了交易的公平、公正和透明。例如，某工程项目通过公开招标确定了承包人，双方按照招标文件和中标通知书签订了施工合同，并进行了备案。在施工过程中，双方均按照备案合同履行义务，未出现任何争议。
二、备案合同与后期合同不一致的情况
表现形式：
- 实践中存在“黑白合同”现象，即备案合同（白合同）与实际履行合同（黑合同）内容不一致。例如，白合同中约定固定总价结算，而黑合同中却约定可调价格；或者白合同约定的工期较长，而黑合同将工期缩短。
- 有时双方先签订详细合同并实际履行，后再为满足备案要求签订内容简单的合同。
产生原因：
- 规避监管：为逃避建设工程领域的监管规定，如工程价款、质量标准等，当事人签订与实际情况不符的备案合同。
- 获取不正当利益：发包方可能通过压低工程价款、缩短工期等手段降低建设成本；承包方为承接工程，可能接受不合理要求。
法律后果：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，若同一建设工程另行订立的施工合同与备案的中标合同实质性内容不一致，应以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。这意味着，如果后期签订的合同与备案合同在实质性内容上存在差异，且这种差异影响了工程价款的结算，那么备案合同将具有优先效力。
- 对于非必须招标的工程项目，若未进行招投标而直接签订合同后备案，且备案合同与实际履行合同不一致，一般以实际履行的合同为依据。但这种情况下的合同可能因违反法律法规的强制性规定而无效或部分无效。
三、备案合同与后期合同不一致时的处理建议
- 确保合同合法合规：在签订和履行施工合同时，应严格遵守法律法规和行政规定，确保合同的合法性和合规性。避免签订“黑白合同”或存在其他违法违规行为的合同。
- 明确合同条款：在签订合同时，应明确约定合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款，并确保这些条款在备案合同和后期合同中保持一致。如果因特殊原因需要变更合同条款，应及时办理变更登记手续，并确保变更后的合同仍然符合法律法规的要求。
- 保留证据：在履行合同过程中，应妥善保管与合同相关的证据材料，如合同文本、往来函件、支付凭证等。这些证据材料在发生争议时将起到至关重要的作用。
举例说明：假设某工程项目在备案时签订了一份固定总价结算的施工合同，但在施工过程中，由于设计变更等原因导致工程量增加。此时，双方协商签订了一份补充协议，对增加的工程量进行了约定。这份补充协议虽然与备案合同在价款方面存在差异，但它是基于合法合规的原因签订的，且双方均认可其效力。在这种情况下，补充协议将作为结算工程价款的依据之一。
总结来说，住建局备案的施工合同可以和后期重新签订的施工合同不一样，但必须确保这种差异是合法合规的，并且不会损害任何一方的合法权益。如果存在违法违规行为或损害他人利益的情况，那么这种差异将可能引发法律纠纷和不利后果。因此，在签订和履行施工合同时，应谨慎对待合同条款的变更和补充，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。