结论前置：

1. 在劳动关系明确、合法且符合劳动仲裁受理条件的情况下，同时与两家公司签订劳动合同的劳动者可以申请劳动仲裁。
2. 若两家公司存在关联或混同用工情况，劳动关系的认定可能变得复杂，此时申请劳动仲裁需更加谨慎。

劳动关系明确且合法的情况

劳动仲裁的前提是劳动者与用人单位之间存在明确的劳动关系。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者可以与一个或一个以上用人单位建立非全日制劳动关系，只要后订立的劳动合同不影响先订立的劳动合同的履行。对于全日制劳动关系，虽然理论上劳动者一般只能与一家用人单位建立，但在特定情况下（如停薪留职、内退、下岗待岗等），劳动者也可以与新用人单位建立劳动关系。

申请劳动仲裁的条件：

• 有明确的被申请人：即要明确与哪个公司发生了劳动争议，并提供相关证据，如劳动合同、工作证、工资条等。
• 有具体的仲裁请求和事实、理由：仲裁请求应清晰明确，如要求支付拖欠工资、经济补偿等，并需提供相应的事实依据，如考勤记录、工作记录等。
• 属于劳动争议仲裁委员会的受案范围：包括但不限于因确认劳动关系、订立/履行/变更/解除/终止劳动合同、除名/辞退/辞职/离职等发生的争议。

举例：假设小张同时与A、B两家公司建立了非全日制劳动关系，当A公司拖欠他工资时，小张可以准备好能证明与A公司存在劳动关系的证据，向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求A公司支付拖欠的工资。

两家公司存在关联或混同用工的情况

如果劳动者在多个公司的工作时间存在冲突，或者这些公司之间有关联、存在混同用工的情况，劳动关系的认定可能会变得复杂。在这种情况下，劳动者需要仔细分析自己的实际情况，并收集充分的证据来支持自己的主张。

可能的问题：

• 劳动关系认定困难：由于多家公司之间存在关联或混同用工，可能导致劳动关系的认定变得模糊，增加仲裁的难度。
• 责任划分不清：在混同用工的情况下，可能涉及多个法律主体和责任划分问题，导致劳动者在申请仲裁时面临更大的挑战。

建议：

• 收集充分证据：劳动者应尽可能收集能够证明自己与每家公司存在劳动关系的证据，如工作记录、工资转账记录、考勤记录等。
• 谨慎申请仲裁：在申请仲裁前，劳动者应仔细分析自己的实际情况，评估仲裁的可行性和风险。如果情况复杂，可以考虑向我咨询，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律后果。

举例：假设小李同时与C、D两家公司工作，且这两家公司存在关联关系。当小李与C公司发生劳动争议时，由于两家公司之间的关联关系，可能导致劳动关系的认定变得复杂。此时，小李需要收集充分的证据来证明自己与C公司存在劳动关系，并谨慎考虑是否申请仲裁。

总结：同时与两家公司签订劳动合同的劳动者在劳动关系明确、合法且符合劳动仲裁受理条件的情况下可以申请劳动仲裁。然而，如果两家公司存在关联或混同用工的情况，劳动关系的认定可能变得复杂，此时申请劳动仲裁需更加谨慎。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。