用人单位主体变更后，发生劳动纠纷，一般应由变更后的用人单位作为应诉主体，但具体情形需结合变更类型来判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、用人单位合并、分立的情况

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条：“用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行”。这意味着，如果用人单位因合并或分立而变更主体，那么在发生劳动纠纷时，应由承继原用人单位权利和义务的新用人单位作为应诉主体。例如，A公司与B公司合并为C公司，那么原A公司或B公司与员工之间的劳动纠纷，应由C公司作为应诉主体。

二、用人单位转让的情况

如果用人单位将其业务或资产转让给另一家单位，而员工与原用人单位的劳动合同并未因此解除或终止，且新用人单位同意承继原劳动合同的权利和义务，那么在发生劳动纠纷时，同样应由新用人单位作为应诉主体。但需要注意的是，如果转让过程中，原用人单位与员工解除了劳动合同，并由新用人单位与员工重新签订了劳动合同，那么在这种情况下，劳动纠纷的应诉主体则可能是新用人单位，具体取决于纠纷的性质和发生时间。不过，若原用人单位未依法支付经济补偿，且新用人单位在招聘时明确承诺承继相关责任，那么在特定纠纷中（如经济补偿争议），原用人单位也可能被列为共同被告或第三人。

三、用人单位名称、法定代表人等变更的情况

如果用人单位仅是名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项发生变更，而其主体资格并未发生实质性变化（即仍为同一法律实体），那么在发生劳动纠纷时，仍应由该用人单位作为应诉主体。因为这些变更并不影响劳动合同的履行和劳动纠纷的处理。

四、特殊情况下的应诉主体确定

在某些特殊情况下，如用人单位主体变更过程中存在违法违规行为（如未依法告知员工、未依法支付经济补偿等），或者变更后的用人单位拒绝承继原劳动合同的权利和义务等，那么在发生劳动纠纷时，可能需要根据具体情况来确定应诉主体。例如，如果原用人单位在变更过程中未依法支付经济补偿，员工可以要求原用人单位和新用人单位承担连带责任；如果新用人单位拒绝承继原劳动合同的权利和义务，员工可以要求原用人单位继续履行劳动合同或支付相应的经济补偿。

建议：在处理此类劳动纠纷时，建议您首先收集并整理好相关证据材料（如劳动合同、工资单、工作证等），以证明您与用人单位之间的劳动关系以及纠纷的具体情况。然后，您可以根据上述分析，结合实际情况来确定应诉主体，并依法维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，欢迎随时向我咨询。