被纪检机关调查期间，工资的处理需分情况讨论，具体如下：
若调查未认定违纪违法，工资正常发放
纪检机关的调查仅为初步核实阶段，若最终未认定存在违纪违法行为，或仅存在轻微问题但未达到处分标准（如批评教育、诫勉谈话等），则工资待遇不受影响，单位应按原标准正常发放工资、奖金及福利。
若调查认定违纪违法并给予处分，工资可能受影响
- 行政处分（如警告、记过、降级等）：根据《公务员法》或《事业单位工作人员处分暂行规定》，处分期间可能影响工资晋升或奖金发放。例如，降级处分会降低岗位工资标准，但基本工资（如岗位工资、薪级工资）通常不会完全停发。
- 刑事处罚（如有期徒刑以上）：若被依法追究刑事责任，根据《公务员法》第二十六条，公务员会被开除公职，工资自然终止；事业单位人员若被判处有期徒刑以上刑罚，单位也会解除聘用合同，工资停发。
- “双开”处理（开除党籍、开除公职）：若调查发现严重违纪违法（如贪污受贿、滥用职权等），可能同时受到党纪处分和政务处分，被开除公职后工资彻底终止。
特殊情形：留置或刑事拘留期间工资处理
- 若被纪检机关采取留置措施（针对涉嫌严重职务违法或犯罪的公职人员），留置期间工资暂停发放，但留置解除后若未被处分，可补发工资；若被移送司法机关并定罪，则按刑事处罚处理。
- 若因非职务犯罪被刑事拘留（如交通肇事、故意伤害等），单位可能根据内部规定暂停工资，但最终需以法院判决为准——若判决无罪，可要求补发工资；若判决有罪，则按前述刑事处罚处理。
温馨提示：
- 工资处理需严格依据处分决定或司法判决，单位不得擅自停发或扣减。若对工资处理有异议，可向单位人事部门或上级纪检部门申诉。
- 调查期间建议配合纪检机关工作，主动说明情况，避免因隐瞒或对抗调查导致处分加重。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律适用问题。