被公司内部纪委调查后的处理方式需结合调查结果、公司制度及违规性质综合判断，以下是具体分析：

1. 若调查确认存在违规行为

   • 纪律处分：根据违规严重程度，可能给予警告、记过、降级、撤职、开除等处分，处分结果需符合公司《员工手册》或《纪律处分条例》规定的程序（如事先告知、听取申辩、工会参与等）。
     
   • 经济追责：若违规涉及经济损失（如贪污、挪用资金），公司可能要求赔偿，并通过扣发奖金、绩效工资等方式执行，但需注意扣除金额不得超过当地最低工资标准。
     
   • 移送司法：若行为涉嫌犯罪（如职务侵占、受贿），公司会将案件移交公安机关，此时员工可能面临刑事责任（如有期徒刑、罚金），同时公司可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同且无需支付补偿。

2. 若调查未确认违规或证据不足

   • 撤销调查：公司应终止调查程序，恢复员工名誉及职务，若调查期间员工被停职，需补发停职期间工资（除非合同或制度明确规定停职无薪）。
     
   • 申诉机制：员工若认为调查程序违法（如未允许申辩、证据造假），可向公司上级纪委或劳动争议调解组织申诉，要求重新调查或撤销处分。

3. 特殊情形处理

   • 配合调查的减免：若员工主动交代问题、配合取证或退还赃款，公司可能从轻处分（如降级代替开除），但需以制度明确规定为前提。
     
   • 涉及第三方利益：若违规行为损害客户或合作伙伴利益，公司可能要求员工签署承诺书，限制其未来从业范围（如竞业限制），但需支付补偿金。

关键提醒：公司内部纪委调查虽非司法程序，但处分决定可能影响员工职业声誉及未来就业。若对调查程序或结果有异议，建议及时收集证据（如调查记录、处分文件），通过书面申诉或劳动仲裁维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性建议。