纪检委查处一万元违纪款项的处理方式需结合具体情节和违纪性质综合判断，主要分为以下几种情形：

1. 若属于一般违纪行为（如违规收受礼品礼金、违规发放津补贴等）
   根据《中国共产党纪律处分条例》第四十条，对违纪所得应予以收缴或责令退赔。处理流程通常为：

   • 立案审查后确认违纪事实
     
   • 制作《违纪所得收缴通知书》
     
   • 通过银行转账或现金方式上缴国库
     
   • 同时根据情节轻重给予警告、严重警告等党纪处分
     典型案例：某公务员违规接受管理服务对象1万元红包，被给予党内严重警告处分，违纪所得全额收缴。

2. 若涉嫌职务违法（如贪污、挪用公款等）
   根据《中华人民共和国监察法》第四十六条，除没收违法所得外，还需依法给予政务处分：

   • 贪污数额在3万元以下可认定为”数额较大”，但具有从重情节时1万元也可能被立案
     
   • 处理程序包括：初步核实→立案调查→移送审理→作出处分决定
     
   • 可能同时面临记过、记大过、降级、撤职等政务处分
     特别说明：若涉及挪用公款进行营利活动，即使1万元也可能构成刑事犯罪。

3. 若存在从轻或减轻情节
   根据《中国共产党纪律处分条例》第十七条，具有以下情形可减轻处分：

   • 主动上交违纪所得
     
   • 配合调查有立功表现
     
   • 违纪行为未造成严重后果
     处理结果示例：某干部主动退还1万元违纪款，最终给予诫勉谈话处理。

实务建议：

1. 涉案人员应第一时间配合调查，避免出现伪造、销毁证据等加重情节
   
2. 主动说明资金来源和用途，争取从宽处理
   
3. 对处理决定有异议的，可在收到决定书30日内申请复审
   

温馨提示：具体处理需结合资金性质、主观故意、危害后果等要素综合判定。如需进一步分析，请提供更多案件细节（如资金来源、使用情况、是否主动交代等），我将为您做专业研判。