三方协议中不填违约金是完全可以的，这并不影响协议的法律效力及其有效性。以下是对此问题的详细解答：

一、三方协议的基本性质与法律效力

三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是毕业生、用人单位和学校三方就毕业生就业事宜达成的意向性协议。它具有法律效力，主要用于统计毕业生就业率、派遣毕业生的学籍档案等。但需要注意的是，三方协议并不能替代劳动合同，其法律效力在毕业生到用人单位报到后即告终止。

二、违约金的约定并非必备条款

在三方协议中，违约金并非必备条款。国家法律并未明确规定三方协议中必须包含违约金条款。因此，协议双方可以根据具体情况自主决定是否在协议中约定违约金。这意味着，即使三方协议中没有填写违约金，该协议仍然是合法有效的。

三、未约定违约金时的违约责任

如果三方协议中没有约定违约金，当一方出现违约行为时，虽然不能依据违约金条款要求违约方支付违约金，但受损方仍然可以根据实际损失要求违约方承担赔偿责任。这包括因对方违约导致的直接经济损失，如招聘成本、岗位空缺造成的损失等，以及为签订和履行协议而支出的合理费用，如交通费、住宿费等。受损方需提供充分证据来证明损失的存在和具体数额。

四、签订三方协议时的注意事项

1. 仔细阅读协议内容：毕业生在签订三方协议时，应仔细阅读协议内容，特别是关于违约责任的部分，要明确双方在违约时的责任承担方式。

2. 咨询专业意见：在签订三方协议前，毕业生可以咨询学校或法律专业人士的意见，以确保自己的权益得到充分保障。他们可以提供关于协议条款的解读、违约责任的评估等方面的专业建议。

3. 及时追究违约责任：如果用人单位违反三方协议的约定，毕业生可以在学校的帮助下及时追究用人单位的违约责任。即使三方协议中未约定违约金，受损方仍有权根据实际损失要求赔偿。

五、总结与建议

综上所述，三方协议中不填违约金是合法的，且不影响协议的法律效力和实际操作中的可执行性。毕业生在签订三方协议时，应充分了解协议内容，并在必要时寻求专业帮助以维护自己的合法权益。同时，也建议毕业生在签订协议前与用人单位进行充分沟通，明确双方的权利和义务，以减少后续可能出现的纠纷和损失。