补充协议书中注明“如到期不交承包费自行解除协议”的条款，本身并不直接违法，但其合法性和有效性需结合具体情形判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，条款即有效。因此，双方在补充协议中约定“逾期未交承包费则协议自动解除”，属于对合同解除条件的自主约定，原则上合法有效。但需注意：
   

• 条款需明确“逾期”的具体期限（如“逾期超过15日”），避免模糊表述导致争议；
  
• 需明确“解除”的具体后果（如是否需返还已支付费用、是否需赔偿损失等），否则可能因约定不明被认定为无效。

1. 法定解除权限制角度
   即使协议约定了自动解除条款，若承包方逾期未缴费的行为未达到“根本违约”程度（如逾期时间短、金额小，且未影响合同目的实现），法院可能依据《民法典》第五百六十三条，认定该条款显失公平，从而限制其效力。例如：
   

• 若承包方仅逾期3日未缴费，但已支付大部分费用，且未影响发包方实际经营，法院可能不支持自动解除；
  
• 若承包方长期拖欠且拒不沟通，则条款更可能被认定为有效。

1. 程序合法性角度
   即使条款有效，解除合同仍需履行法定程序：
   

• 通知义务：根据《民法典》第五百六十五条，解除合同需通知对方，合同自通知到达对方时解除。若协议仅约定“自动解除”而未明确通知方式，可能因程序瑕疵被认定为未解除；
  
• 证据固定：发包方需保留承包方逾期未缴费的证据（如催缴记录、缴费凭证等），否则可能因举证不能承担不利后果。

建议：

• 若您是发包方，建议在补充协议中明确：
  
  1. 逾期缴费的具体期限（如“逾期超过10日”）；
     
  2. 解除合同的具体程序（如“发包方需书面通知承包方，通知送达后3日内未补缴则协议解除”）；
     
  3. 解除后的责任承担（如“承包方需支付违约金，并赔偿实际损失”）。
     
• 若您是承包方，可关注条款是否显失公平（如逾期期限过短、违约金过高），并在签订前协商修改。
  

如有具体协议文本或争议细节，可进一步向我咨询，我会结合条款内容为您详细分析。