补充协议一式一份，在符合一定条件下是有效的，但通常建议一式多份以确保各方权益。以下是对这一问题的详细分析：
一、补充协议的有效性条件
主体合格：
- 签订补充协议的双方必须具备相应的民事行为能力。这意味着自然人需达到法定年龄且精神正常，能够理解协议内容并预见行为后果；法人等组织则需具有合法的经营资格和签订合同的权限。例如，一个不满八周岁的未成年人独立签订的补充协议通常是无效的，因为其不具备相应的民事行为能力。
意思表示真实：
- 补充协议的签订必须基于双方真实、自愿的意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如果一方以非法手段迫使另一方签订补充协议，如威胁人身安全，那么该协议将因意思表示不真实而可能被认定无效。
内容合法：
- 补充协议的内容必须严格遵守法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益。例如，若房屋租赁合同的补充协议中约定租赁房屋用于违法活动，如赌博，则该补充协议因内容违法而无效。同时，补充协议也不得违背公序良俗，即社会普遍认可的道德和行为规范。
形式符合要求：
- 虽然法律并未明确规定补充协议必须一式多份，但为了确保各方都能持有协议原件，减少因协议丢失或损坏而引发的纠纷，通常建议一式多份。如果原合同对补充协议的形式有特别约定，或者法律法规对特定类型的合同补充协议有形式要求（如必须采用书面形式），则补充协议必须按照这些要求订立。书面形式的补充协议通常更能明确双方的权利义务，减少日后产生争议的可能性。
二、一式一份补充协议的风险
- 协议丢失或损坏风险：如果补充协议仅有一份，且由一方保管，那么一旦该份协议丢失或损坏，另一方可能无法证明协议内容，从而引发纠纷。
- 举证困难风险：在诉讼或仲裁过程中，如果一方无法提供补充协议原件作为证据，可能会面临举证困难的风险，进而影响其权益的维护。
三、建议
- 一式多份：为了降低风险，建议签订补充协议时一式多份，确保各方都能持有协议原件。这样，即使其中一份丢失或损坏，也不影响其他份协议的效力。
- 明确约定：在补充协议中明确约定协议的份数、保管方式以及各方对协议内容的确认方式等，以进一步保障各方权益。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份房屋租赁合同，并约定租金每年调整一次。后来，双方就租金调整事宜签订了一份补充协议。为了确保双方都能持有协议原件，减少纠纷风险，建议该补充协议一式两份，甲乙双方各执一份。这样，即使其中一份协议丢失或损坏，另一方也能提供原件作为证据，维护自己的权益。
综上所述，补充协议一式一份在符合一定条件下是有效的，但为了降低风险并保障各方权益，建议一式多份。如果您在签订补充协议过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。