结论：将近二十年没有欠条且钱已还，但当事人不认的情况下，法院能否立案需分情况讨论，若存在其他证据证明债务已清偿，法院会立案但可能驳回原告诉求；若没有任何证据，法院可能因缺乏事实依据而不立案或驳回起诉，但立案本身不直接等同于支持原告诉求。以下为详细分析：
一、法院立案的基本条件
法院立案主要审查的是原告的起诉是否符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的条件，包括：
- 原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
- 有明确的被告；
- 有具体的诉讼请求和事实、理由；
- 属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
在您所描述的情况下，如果原告（即债权人）能够提供一定的证据（尽管欠条已丢失或不存在）来初步证明双方之间曾经存在借贷关系，并且该借贷关系尚未得到清偿，那么法院在审查后认为符合立案条件的，是会立案的。然而，立案并不意味着法院会支持原告的诉讼请求，因为立案只是诉讼程序的一个开始，后续还需要经过庭审、质证、辩论等环节，由法院根据双方提供的证据和法律规定来作出判决。
二、没有欠条且钱已还，当事人不认的情况分析
若存在其他证据证明债务已清偿：
- 在这种情况下，尽管欠条已丢失或不存在，但如果您能够提供其他证据（如转账记录、聊天记录、证人证言等）来证明债务已经得到清偿，那么这些证据将构成对原告诉求的有效反驳。
- 法院在立案后，会组织双方进行庭审，您可以在庭审中出示这些证据，以证明债务已经清偿的事实。如果法院认为这些证据充分、有效，那么将会驳回原告的诉讼请求。
若没有任何证据证明债务已清偿：
- 在这种情况下，由于您无法提供任何证据来证明债务已经得到清偿，而原告又能够提供一定的证据（尽管可能不够充分）来初步证明双方之间存在借贷关系，那么法院在立案后可能会面临一定的审理难度。
- 如果法院认为原告提供的证据不足以证明借贷关系的存在或债务尚未得到清偿，而您又无法提供反驳证据，那么法院可能会根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，以“缺乏事实依据”为由驳回原告的起诉或判决您承担不利后果（但这种情况较为少见，因为法院通常会尽量通过庭审来查明事实）。不过，更常见的是，在缺乏直接证据的情况下，法院可能因证据不足而无法支持原告的诉求，但这并不意味着法院会直接认定您无需还款，而是因为原告未能完成其举证责任。
- 特别需要注意的是：如果借贷关系发生在多年前，且双方都没有保留相关证据，那么随着时间的推移，证据的收集和证明难度将会大大增加。此外，如果借贷关系涉及金额较大或存在其他复杂情况（如利息计算、担保等），那么审理过程可能会更加复杂和漫长。
三、建议与措施
- 积极收集证据：尽管欠条已丢失或不存在，但您仍应尽力收集其他能够证明债务已经得到清偿的证据（如转账记录、聊天记录、证人证言等）。这些证据将在后续的庭审中发挥重要作用。
- 咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，因此建议您在面临此类纠纷时咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和法律规定，为您提供针对性的法律建议和帮助。
- 保持冷静和理性：在面对纠纷时，保持冷静和理性是非常重要的。不要因为情绪激动而做出一些不利于自己的行为或言论。相反，您应该积极配合法院的审理工作，如实陈述事实和提供证据。
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