保险公司不承保摩托车商业险是否合法需分情况讨论：

1. 若保险公司以统一、非歧视性条款拒绝承保所有摩托车商业险
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第十条，保险公司经保监会批准后，可经营交强险业务，但商业险（如车损险、第三者责任险等）属于自愿投保范畴。若保险公司通过合法备案的条款明确将摩托车排除在商业险承保范围外，且该条款适用于所有摩托车车主（无差别对待），则属于合法经营行为。例如，部分保险公司可能因摩托车风险系数高、赔付率高，通过内部风控模型决定不承保该类业务，但需在条款中明确说明。

2. 若保险公司以不合理条件拒绝承保特定摩托车或车主
   若保险公司存在以下行为，则可能涉嫌违法：

   • 歧视性拒保：对相同条件的摩托车或车主（如车型、车龄、驾驶记录相同）区别对待，仅拒绝承保部分对象；
     
   • 附加不合理条件：要求投保人购买其他非必要险种（如指定购买驾乘意外险）作为承保摩托车商业险的前提；
     
   • 违反监管规定：保监会明确要求保险公司不得拒保交强险，若以“不承保商业险”为由变相拒绝交强险，则违反《机动车交通事故责任强制保险条例》第三十七条，可能面临行政处罚。

3. 地方性政策或行业惯例的影响
   部分地区可能因摩托车事故率高、保险赔付压力大，通过行业协会或监管部门引导保险公司调整承保策略（如限制承保区域、提高保费或设置免赔额）。此类调整若未违反上位法（如《保险法》《机动车交通事故责任强制保险条例》），且通过合法程序备案，则可能被认定为合法。但若地方政策直接禁止保险公司承保摩托车商业险，则可能因缺乏上位法依据而被认定无效。

建议：

• 若保险公司以统一条款拒保，车主可核实条款是否经保监会备案，并评估是否接受条款内容；
  
• 若认为存在歧视性拒保或附加不合理条件，可向当地保监局投诉（依据《保险消费者投诉处理管理办法》）；
  
• 摩托车作为高风险交通工具，车主可通过加强安全驾驶、选择信誉良好的保险公司或购买足额交强险等方式降低风险。
  

如有具体案例或条款内容，可进一步提供细节以便针对性分析。