休年假期间，用人单位通常不应扣发劳动者的全勤奖，但具体是否扣除需依据单位规章制度及劳动合同内容确定。以下从不同角度进行分析：
一、年假的法定性与全勤奖的发放
年假的法定性：
- 根据《职工带薪年休假条例》及相关法律法规，劳动者连续工作1年以上的，依法享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
- 年假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。
全勤奖的发放条件：
- 全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。
- 由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。
二、单位规章制度与劳动合同的影响
单位规章制度：
- 单位可以依法制定规章制度，规定全勤奖金的发放条件。然而，这些规定必须合法、合理，且不得侵犯劳动者的合法权益。
- 如果单位规章制度中明确规定休年休假会扣除全勤奖，并且这些规定已经明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定对劳动者具有约束力。但此类规定可能存在争议，有可能被认定为限制劳动者合法权益而无效。
劳动合同内容：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定休年休假会扣除全勤奖，且该约定合法有效，那么用人单位有权按照约定执行。
三、实际操作与建议
实际操作：
- 在实际操作中，如果公司制度错误地将休年假认定为影响全勤，从而扣除全勤奖，这种规定可能是不合理甚至不合法的。
- 劳动者在遇到此类情况时，应首先与用人单位进行沟通协商，明确表达自身合法权益。
建议：
- 劳动者在入职时应仔细审查劳动合同中关于全勤奖金和年休假的相关规定，对于不明确的地方，应向单位的人力资源部门或相关负责人咨询清楚，以避免产生纠纷。
- 若单位规定存在不合理或违法之处，劳动者应及时提出异议并寻求法律援助。
- 如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自身的合法权益。
总结来说，休年假是劳动者的法定权利，且休假期间视为正常出勤，享有与正常工作期间相同的工资待遇。因此，在一般情况下，用人单位不得因员工休年假而扣发其全勤奖。然而，如果单位有合法有效的规定或合同约定休年休假会扣除全勤奖，则用人单位有权按照规定执行。劳动者在请年休假前应仔细了解相关规定和约定，以避免不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。