员工在工作中损坏公司货物时，其赔偿问题需依据相关法律法规、劳动合同以及公司的规章制度来综合考量。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》：该法规定了侵害他人财产的，财产损失应按照损失发生时的市场价格或其他合理方式计算，这为赔偿提供了基本的法律框架。
2. 《工资支付暂行规定》第十六条：明确指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求赔偿。同时，该规定也限制了从员工工资中扣除赔偿款的额度，即每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。

二、赔偿责任认定

赔偿责任需根据员工的过错程度来确定：

• 故意损坏：若员工故意损坏公司货物，应承担全部赔偿责任。
• 重大过失：若员工因重大过失导致货物损坏，通常需承担主要赔偿责任，但不一定是全部损失。
• 一般过失或无过失：若员工在正常工作过程中因不可预见或不可避免的原因导致货物损坏，通常无需赔偿；若属一般过失，可能根据具体情况承担部分责任或不承担责任。

三、确定货物价值与赔偿金额

1. 货物价值评估：公司应及时通过专业鉴定或参考购买凭证等方式，评估被损坏货物的价值。
2. 赔偿金额计算：以货物损坏时的实际价值为准，包括购买价格减去折旧后的价值及可能的维修费用。若货物无法修复或失去使用价值，则按市场同类新货物价格扣除折旧后计算。

四、赔偿方式与执行

1. 赔偿方式：可以是现金直接支付，或通过修复被损坏货物来抵偿。若选择修复，员工应承担修复费用。
2. 工资扣除：公司有权从员工工资中扣除赔偿款，但需遵守上述《工资支付暂行规定》的限制。
3. 协商与分期支付：鼓励员工与公司协商，可一次性或分期支付赔偿款，以减轻员工经济负担。

五、处理流程

1. 及时报告：员工损坏货物后应立即向主管领导或相关部门报告。
2. 调查核实：公司进行调查，确定损坏原因、责任程度，并收集相关证据。
3. 沟通协商：双方就赔偿事宜进行沟通，明确赔偿依据、金额和方式，并最好签订书面协议。
4. 争议处理：若协商不成，可通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等法律途径解决。

六、注意事项

1. 公司规章制度合法性：确保公司规章制度不违反法律法规，避免过度惩罚员工。
2. 员工积极配合：员工应积极配合公司处理赔偿事宜，避免法律纠纷。
3. 保护员工权益：在处理过程中，应尊重并保护员工的合法权益，确保处理公正透明。

综上所述，员工在工作中损坏公司货物时，应依法依规进行赔偿处理。公司应综合考虑员工过错程度、货物价值、公司规章制度以及法律法规等因素，确定合理的赔偿方式和金额。同时，双方应积极沟通协商，确保处理过程公正透明，维护双方合法权益。