员工损坏了客户的商品，一般先由公司进行赔偿，之后公司再根据具体情况向员工追偿。以下是针对此问题的详细分析：
一、公司先赔偿客户
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当员工的职务行为导致客户商品损坏时，这通常被视为公司行为的一部分，公司需承担相应的赔偿责任。公司作为用人单位，有责任确保其员工在执行工作任务时遵守相关规定，避免给客户造成损失。因此，在客户商品被损坏的情况下，公司应首先承担赔偿责任，以维护客户的权益和公司的声誉。
二、公司向员工追偿的情况及方式
员工存在故意或重大过失：
- 若员工在工作过程中因故意或重大过失导致客户商品损坏，公司有权在赔偿客户后，向员工追偿。追偿金额一般以实际造成的损失为限，包括商品成本、额外费用（如重新采购费用、运输费用等）以及因商品损坏而导致的其他间接损失。
- 追偿方式：公司可以从员工的工资中扣除赔偿款项，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工不存在故意或重大过失：
- 若员工已尽到合理注意义务，仅因一般过失（如操作不熟练、疏忽大意等）导致客户商品损坏，通常无需承担赔偿责任。此时，公司应承担相应的经营风险和管理责任，不得随意向员工追偿。
公司内部规定：
- 如果公司有明确的员工管理规定、奖惩规定或操作规范等，且这些规定中明确规定了员工在损坏客户商品时应承担的赔偿责任和方式，那么公司可以直接依据这些规定向员工追偿。但需要注意的是，这些规定必须合法合规，且已向员工明确告知。
三、赔偿流程与注意事项
损失认定：
- 公司应详细核算和认定损失，确定具体金额和范围，并保留相关证据（如采购发票、运输单据、客户索赔文件等）。
责任判定：
- 通过调查和分析，明确员工是否存在故意或重大过失。可以与员工进行沟通，了解事情经过和原因，以便做出合理的责任判定。
协商赔偿：
- 若员工需承担赔偿责任，公司应与员工协商，说明赔偿依据和金额，听取员工意见。协商一致后，可以签订赔偿协议，明确赔偿方式和时间。
法律途径：
- 若双方无法协商一致，公司可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决争议。但在此过程中，公司需提供充分证据证明员工的过错和损失金额。
四、建议与提醒
- 公司角度：建议公司在事先制定明确的规章制度和劳动合同条款，明确员工在损坏客户商品时应承担的赔偿责任和方式。同时，加强员工培训和管理，提高员工的责任意识和操作技能，减少类似事件的发生。
- 员工角度：建议员工在工作中保持高度的责任心和谨慎态度，严格遵守公司规定和操作流程，避免给公司和自己带来不必要的损失。如有任何疑问或争议，可以及时向我咨询以获取准确的法律意见和帮助。
总之，员工损坏了客户的商品是一个涉及公司、员工和客户三方利益的问题。在处理此类问题时，应综合考虑多种因素，包括员工的过错程度、损失大小以及公司自身的管理责任等。通过合理确定赔偿责任和赔偿方式，既保障公司的合法权益，又维护员工的正当权益。