在交通事故中，保险公司扣除非医保用药的依据主要来源于保险合同中的相关条款以及法律法规的规定，但这一做法并非绝对，需要具体分析。以下是对这一问题的详细解答：

一、保险合同中的约定

保险公司在保险合同中常常会设置“非医保用药不赔”的条款，这是其扣除非医保用药费用的主要依据。然而，这一条款属于免责性质的条款，根据《中华人民共和国保险法》第十七条的规定，保险人在订立合同时，应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明。如果保险公司未能尽到这一提示和说明义务，那么该条款可能不产生法律效力。

二、法律法规的规定

1. 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国保险法〉若干问题的解释(三)》第十九条：

   • 该条规定，保险合同约定按照基本医疗保险的标准核定医疗费用，保险人以被保险人的医疗支出超出基本医疗保险范围为由拒绝给付保险金的，人民法院不予支持。
   • 但同时，如果保险人有证据证明被保险人支出的费用超过基本医疗保险同类医疗费用标准，并要求对超出部分拒绝给付保险金的，人民法院应予支持。

2. 《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第六条第一款：

   • 医疗费根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明等相关证据确定。
   • 赔偿义务人对治疗的必要性和合理性有异议的，应当承担相应的举证责任。

三、保险公司的举证责任

当保险公司主张扣除非医保用药费用时，其需要承担举证责任，证明：

1. 医保目录内存在同类药品或治疗项目且具有可替代性：保险公司需要根据受害人提供的用药清单，举证证明医保目录内存在与受害人实际使用的药品或治疗项目具有相同或相似疗效的替代品。

2. 提供相关名称、价格：保险公司还需要提供这些替代品的名称和价格，以证明受害人实际支出的超过医保标准部分缺乏合理性、必要性。

3. 审核或鉴定报告的合法性：如果保险公司自行委托相关单位就非医保用药部分进行审核或鉴定，那么还需要审查相关单位是否具有相应资质，以及审核、鉴定报告中的具体内容是否合法、合理。

四、实际案例分析

在实际案例中，法院通常会根据上述法律法规和保险公司的举证情况来判决是否扣除非医保用药费用。如果保险公司未能尽到提示和说明义务，或者未能提供充分的证据证明非医保用药费用的不合理性、不必要性，那么法院可能会判决保险公司承担赔付责任。

五、建议

对于投保人来说，在购买保险时，应仔细阅读保险合同条款，特别是免责条款部分，确保自己了解并同意合同内容。在发生交通事故后，如果保险公司主张扣除非医保用药费用，投保人可以要求保险公司提供充分的证据来证明其主张的合理性。如果保险公司无法提供充分证据，投保人可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。