集团公司与子公司签署管理费协议，在符合法律法规和公司章程规定，且协议内容合法合规的前提下，是合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律合规性角度
合同自由原则：根据《中华人民共和国合同法》（现已被《中华人民共和国民法典》合同编替代）的基本原则，合同双方在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上，有权自由约定合同内容。因此，集团公司与子公司作为独立的法人实体，有权在协商一致的基础上签署管理费协议。
公司法规定：虽然《中华人民共和国公司法》并未直接规定集团公司与子公司之间能否签署管理费协议，但公司法允许公司之间进行关联交易，只要该交易符合公平、公正、公开的原则，且不损害公司及其股东的利益。管理费协议作为关联交易的一种形式，同样需要遵循这一原则。
税务合规性：在签署管理费协议时，还需要考虑税务合规性问题。根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，管理费协议应当明确费用的性质、金额、支付方式等，并确保符合税务发票管理的要求，以便作为财务报销凭证。
二、协议内容合法性角度
费用合理性：管理费协议中约定的费用应当合理，不得过高或过低。过高的管理费可能构成对子公司利益的侵害，而过低的管理费则可能无法覆盖集团公司提供的管理服务成本。因此，在签署协议时，双方应当对管理费的金额进行充分协商，并确保其合理性。
服务内容明确性：管理费协议应当明确集团公司提供的管理服务内容，包括但不限于财务管理、人力资源管理、市场营销等方面的服务。这有助于确保子公司能够明确了解所支付的管理费所对应的服务内容，并评估其价值。
违约责任明确性：管理费协议还应当明确双方的违约责任。如果一方未能按照协议约定履行义务，应当承担相应的违约责任。这有助于维护协议的严肃性和有效性，保障双方的合法权益。
三、实际操作建议
完善公司章程和内部管理制度：在签署管理费协议前，集团公司和子公司应当完善各自的公司章程和内部管理制度，明确关联交易的审批程序、决策机制等，以确保管理费协议的签署和履行符合公司内部规定。
进行充分协商和谈判：在签署管理费协议前，双方应当进行充分协商和谈判，就管理费的金额、支付方式、服务内容等关键条款达成一致意见。这有助于减少后续纠纷和争议的可能性。
寻求专业法律意见：由于管理费协议涉及复杂的法律关系和利益分配问题，因此建议在签署前寻求专业法律意见。律师可以对协议内容进行法律审查，确保其合法合规性，并为双方提供法律建议和风险防范措施。
综上所述，集团公司与子公司签署管理费协议在符合法律法规和公司章程规定，且协议内容合法合规的前提下是合法的。然而，在实际操作中，双方需要谨慎处理相关事宜，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。