结论前置：公司存在两套账被查，您是否有责任需根据具体情况判断，包括您在公司的职位、职责范围、是否参与两套账的制作或管理、是否知情以及是否采取相应措施等因素。以下从不同角度进行分析：
一、若您未参与两套账的制作或管理，且不知情
法律责任：
- 在这种情况下，您通常不会因公司存在两套账而直接承担法律责任。因为法律责任的承担通常要求行为人有一定的过错或违法行为，如果您未参与且不知情，则难以认定您存在过错。
建议：
- 保持与公司的沟通，了解公司财务状况，但避免直接参与任何可能涉及违法违规的活动。
- 若发现公司存在违法违规行为，应及时向公司高层或相关部门反映，并考虑是否需要向监管部门报告。
二、若您参与了两套账的制作或管理，但不知情其违法性
法律责任：
- 如果您参与了两套账的制作或管理，即使不知情其违法性，也可能因“过失”而承担一定的法律责任。因为作为公司的一员，您有义务了解并遵守相关法律法规，对公司的财务活动保持合理的注意义务。
建议：
- 立即停止参与任何可能涉及违法违规的活动，并向公司高层或相关部门说明情况。
- 咨询专业律师，了解自己的法律责任和可能的法律后果，以便采取适当的应对措施。
三、若您参与了两套账的制作或管理，且知情其违法性
法律责任：
- 在这种情况下，您将可能因“故意”而承担严重的法律责任。因为您明知公司的行为违法，却仍然参与其中，这构成了对法律的故意违反。
- 根据相关法律法规，您可能面临罚款、行政处罚甚至刑事责任等严重后果。
建议：
- 立即停止参与任何违法违规活动，并向公司高层或相关部门提出整改建议。
- 主动向监管部门报告公司的违法违规行为，并配合调查工作，以减轻自己的法律责任。
- 咨询专业律师，制定详细的应对策略，以保护自己的合法权益。
四、特殊情况：您作为公司高层或财务负责人
法律责任：
- 如果您作为公司的高层或财务负责人，对公司的财务活动负有直接的管理责任，那么您将可能因公司的违法违规行为而承担更严重的法律责任。
- 您不仅可能面临罚款、行政处罚等行政责任，还可能因涉嫌犯罪而承担刑事责任。
建议：
- 立即组织公司进行自查自纠，整改违法违规行为，并向监管部门报告。
- 咨询专业律师，了解自己的法律责任和可能的法律后果，制定详细的应对策略。
- 考虑是否需要主动向监管部门投案自首，以争取从轻或减轻处罚。
总结与进一步思考：公司存在两套账被查，您是否有责任需根据具体情况判断。无论您在公司中的职位如何，都应保持对法律法规的敬畏之心，避免参与任何违法违规活动。若发现公司存在违法违规行为，应及时采取措施予以纠正，并向相关部门报告。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。