结论：退休后医师执业证变更至新单位但未与新单位签订协议，能否上班需视具体情况而定，但一般不建议直接上班，应先明确双方权利义务关系。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系角度
劳动合同关系：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。虽然退休人员再就业与用人单位之间一般不构成典型的劳动关系，但为了明确双方的权利义务，避免后续纠纷，建议签订书面协议。
- 若未签订协议，双方的权利义务关系可能不明确，一旦发生争议，如工资支付、工作时间、休息休假、劳动保护等，可能难以有效维护自身权益。
劳务关系角度：
- 退休人员再就业与用人单位之间更可能构成劳务关系。在劳务关系中，双方同样可以通过协议来明确各自的权利义务。
- 未签订协议的情况下，虽然不影响劳务关系的实际存在，但同样可能因权利义务不明确而引发纠纷。
二、执业许可角度
医师执业证变更：
- 医师执业证的变更意味着您已经获得了在新单位执业的资格。然而，这并不等同于您已经与新单位建立了合法的用工关系。
- 执业证的变更只是行政许可的一部分，它允许您在新单位从事医疗活动，但并不直接解决您与新单位之间的法律关系问题。
未签订协议的风险：
- 在未签订协议的情况下，您可能面临被新单位随意解雇、工资拖欠、工作条件恶劣等风险。
- 同时，由于缺乏明确的协议约束，您也可能在违反新单位规章制度或造成医疗事故时承担不必要的法律责任。
三、实际操作建议
签订书面协议：
- 在变更医师执业证至新单位后，应尽快与新单位签订书面协议，明确双方的权利义务关系。
- 协议内容应包括但不限于工作内容、工作时间、工资待遇、社会保险、福利待遇、违约责任等条款。
了解新单位规章制度：
- 在签订协议前，应详细了解新单位的规章制度，确保自己能够遵守并适应新单位的工作环境。
- 同时，也可以对新单位的规章制度提出自己的合理建议和意见。
保留相关证据：
- 在未签订协议的情况下，应尽可能保留与新单位之间的沟通记录、工作记录等证据，以备不时之需。
- 这些证据可以在发生争议时作为维护自己权益的依据。
总结与建议：退休后医师执业证变更至新单位但未与新单位签订协议的情况下，虽然从法律上讲您可能已经具备了在新单位执业的资格，但为了明确双方的权利义务关系、避免后续纠纷，建议您尽快与新单位签订书面协议。如果您在签订协议或处理相关纠纷过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。