结论：公司欠员工工资三个月，员工辞职不走流程直接走人，公司一般不能以此为由扣工资，但员工未按规定流程辞职可能需承担一定责任。以下从多个角度进行分析：

一、公司欠薪的法律责任

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保障劳动者权益的基本原则，公司欠薪三个月已明显违反了这一规定。

若公司克扣或者无故拖欠劳动者工资，根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，劳动行政部门可以责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。这表明，法律对欠薪行为有明确的制裁措施，公司不能以员工未走流程辞职为由，拒绝支付欠薪或进行扣减。

二、员工辞职流程与工资支付

1. 正常辞职流程：

   • 员工辞职通常应按照公司规定的流程进行，如提前提交辞职申请、办理工作交接等。这是员工应尽的义务，有助于维护公司的正常运营秩序。

2. 未走流程辞职的影响：

   • 如果员工未按规定流程辞职，公司可能会根据内部规章制度对其进行一定的处理，如扣除部分奖金、福利或要求赔偿因未交接工作造成的损失等。但这些处理措施不能违反法律法规的强制性规定，特别是不能以此为由扣减员工应得的工资。

三、员工未走流程辞职的潜在风险

1. 对公司的影响：

   • 员工未走流程辞职可能导致公司工作交接不畅，影响业务连续性。公司有权要求员工承担因未交接工作造成的实际损失，但需提供充分证据证明损失的存在及与员工未交接工作的因果关系。

2. 对员工的影响：

   • 员工未走流程辞职可能影响其职业声誉，未来求职时可能面临不利评价。此外，如果公司因此提起诉讼或仲裁，员工可能需要投入时间和精力应对法律纠纷。

四、建议与措施

1. 对于员工：

   • 尽量按照公司规定流程辞职，以避免不必要的纠纷和损失。如果公司存在欠薪等违法行为，员工可以先与公司协商解决，协商无果的，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 保留好相关证据，如工资条、欠薪证明、辞职申请等，以便在需要时维护自己的合法权益。

2. 对于公司：

   • 遵守法律法规，按时足额支付员工工资，避免欠薪等违法行为的发生。
   • 完善内部规章制度，明确员工辞职流程和责任，确保公司运营秩序和员工权益的平衡。

总结：公司欠薪三个月是违法行为，员工辞职不走流程不能成为公司扣减工资的理由。员工应尽量按照公司规定流程辞职，并保留好相关证据以维护自己的合法权益；公司则应遵守法律法规，完善内部规章制度，确保员工权益和公司运营秩序的平衡。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。