挪用公款的数额计算，是按照实际挪用并尚未归还的金额来确定的，因此在这个案例中，应算作5000元，但需注意，这并不影响整体行为的定性为挪用公款，只是数额上以未归还部分为准。以下从几个方面进行详细分析：

1. 挪用公款罪的构成：

   • 挪用公款罪是指国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的行为。
   • 在这个案例中，关键在于挪用公款的数额以及是否归还。

2. 挪用公款的数额计算：

   • 挪用公款的数额，是指实际挪用并尚未归还的公款数额。如果挪用公款后部分归还，那么未归还的部分即构成挪用公款的数额。
   • 在您提供的案例中，虽然最初挪用了1万元，但后来归还了5000元，因此，实际尚未归还的数额是5000元。

3. 法律后果与定性：

   • 挪用公款的行为，无论数额大小，都构成了对公款管理秩序的破坏，因此，即使只挪用了部分且部分归还，仍然可能构成挪用公款罪，只是数额上以未归还部分为准。
   • 具体的法律后果，如是否构成犯罪、犯罪的轻重等，还需要根据挪用公款的用途（如是否用于非法活动、营利活动等）、挪用时间的长短、是否归还以及归还的意愿等因素来综合判断。

4. 特殊情况与考量：

   • 如果挪用公款后，在案发前已经全部归还，且没有造成严重后果的，可能会作为量刑时的从轻情节考虑。
   • 但在这个案例中，由于已经归还了部分公款，但仍有部分未归还，因此，在定性上仍然构成挪用公款罪，只是在数额上以未归还的5000元为准。

总结来说，挪用公款1万元，但已经归还了5000元，那么在实际计算挪用公款的数额时，应算作5000元。但这一行为仍然可能构成挪用公款罪，具体法律后果需根据挪用公款的用途、时间、是否归还等因素综合判断。如果您或您身边的人涉及此类问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。