若土地债务纠纷中一方不愿通过村调解委员会调解，可按以下方式处理：
尊重当事人意愿，选择其他合法解决途径：调解需遵循自愿原则，若一方明确拒绝村调解委员会调解，不能强制其参与。此时，纠纷双方可协商选择其他合法解决途径，如自行协商、寻求乡镇政府或街道办事处调解、申请人民调解委员会调解（非村级）、向仲裁机构申请仲裁（若有仲裁协议）或直接向法院提起诉讼。这些途径均受法律保护，可根据纠纷具体情况和双方意愿选择。
若选择诉讼，需准备充分证据并遵循诉讼程序：若双方无法通过协商、调解解决纠纷，且未达成仲裁协议，可向法院提起诉讼。诉讼前，需收集、整理与纠纷相关的证据，如土地权属证明、债务合同、交易记录、沟通记录等，以证明己方主张。诉讼过程中，需遵循法院诉讼程序，如提交起诉状、参加庭审、举证质证等。法院将根据事实和法律作出判决，判决具有强制执行力。
考虑纠纷性质和双方关系，选择最合适的解决方式：在处理土地债务纠纷时，除考虑解决途径的合法性外，还需考虑纠纷性质、双方关系及解决成本等因素。若纠纷涉及金额较小、双方关系尚可，可优先考虑自行协商或寻求第三方调解；若纠纷复杂、涉及金额较大或双方关系紧张，可考虑仲裁或诉讼。选择最合适的解决方式，有助于高效、公正地解决纠纷。
总之，若土地债务纠纷中一方不愿通过村调解委员会调解，可尊重其意愿，选择其他合法解决途径，并根据纠纷具体情况和双方意愿作出选择。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，可直接向我咨询。