试用期过了三个月仍发放试用期工资，并不直接证明未转正，但这种情况可能存在问题，需要结合具体情况分析。以下是从不同角度的详细分析：
一、合同约定与法律规定
合同约定：
- 首先，需要查看劳动合同中关于试用期和转正的具体约定。如果合同中明确规定了试用期三个月，且试用期满后应自动转正或满足一定条件后转正，那么公司继续发放试用期工资可能构成违约。
- 若合同中没有明确约定转正条件或流程，或者约定不明确，那么仅凭工资发放情况难以直接判断是否已转正。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条，试用期的长度与劳动合同的期限紧密相关，且同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。如果劳动合同期限三年以上，试用期最长不得超过六个月。因此，如果试用期三个月是合同约定的且符合法律规定，那么试用期满后，公司应考虑员工的转正问题。
- 然而，法律并未规定试用期满后必须自动转正，转正通常需要用人单位明确做出决定，可能包括通过考核流程、人事审批等环节。
二、可能的情况及原因
公司流程繁琐：
- 一些大型企业或管理规范的公司，转正审批流程可能较为复杂，需要经过多个部门的审核、领导的层层签字等。这可能导致试用期结束后员工还未正式转正，但工资仍按试用期标准发放。
岗位评估特殊：
- 对于某些专业性较强或对公司业务影响重大的岗位，公司可能需要进行更全面、深入的评估。如果评估尚未完成，公司可能会暂按试用期工资发放，待评估结果出来后再决定是否转正及调整工资。
公司故意拖延或对员工表现不满：
- 有些公司可能存在故意拖延员工转正的情况，以降低人力成本。或者，如果员工在试用期内的工作表现未能达到公司的期望，公司可能会考虑不予转正，但出于各种原因没有立即告知员工结果，而是采取拖延的方式，继续发放试用期工资。
内部管理混乱：
- 部分公司内部管理不够规范，导致转正流程不清晰、责任不明确。这可能导致员工的转正事宜被一拖再拖，工资发放也受到影响。
三、员工应对策略
主动沟通：
- 员工应主动与上级领导或人力资源部门沟通，了解试用期考核结果及转正流程的进展情况。通过沟通，可以确认是否存在公司内部流程延迟等客观原因，或者公司对员工的表现有何评价。
审查合同与规章制度：
- 员工应仔细审查劳动合同和公司的规章制度，了解关于试用期和转正的具体约定。如果发现公司违反了合同约定或规章制度，可以据此与公司进行协商或采取其他法律措施。
收集证据并维权：
- 如果员工认为公司存在违法行为或不合理对待，应开始收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、与公司沟通的邮件或聊天记录等。这些证据将有助于员工在后续维权过程中证明自己的权益。
- 若与公司协商无果，员工可以考虑向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。在申请仲裁前，需准备好仲裁申请书及相关证据材料。
总结来说，试用期过了三个月仍发放试用期工资并不直接证明未转正，但可能存在问题。员工应主动与公司沟通了解原因，审查合同与规章制度，并在必要时收集证据并维权。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。