占用基本农田50平方米属于违法行为，需承担相应法律责任，具体处理方式需结合实际情况判断，以下是详细分析：

1. 法律定性
   根据《土地管理法》第三十五条及《基本农田保护条例》第十五条，基本农田属于严格保护的耕地类型，任何单位或个人不得擅自占用或改变用途。即使占用面积较小（如50平方米），仍构成违法用地行为。

2. 法律责任类型

   • 行政责任：
     自然资源主管部门可依据《土地管理法》第七十七条，责令限期改正（退还土地、恢复原状），并处罚款（按占用面积每平方米100元至1000元标准计算，50平方米罚款范围为5000元至5万元）。
     
   • 刑事责任（极端情况）：
     若占用基本农田同时符合《刑法》第三百四十二条“非法占用农用地罪”构成要件（如占用数量较大、造成耕地大量毁坏），可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。但50平方米通常不达到刑事立案标准，需结合具体毁坏程度判断。

3. 处理流程

   • 立案调查：自然资源部门发现违法行为后，将立案并开展现场勘测、询问调查。
     
   • 责令整改：下达《责令改正违法行为通知书》，要求限期拆除地上建筑物、恢复土地原状。
     
   • 行政处罚：对拒不整改或整改不到位的，依法作出罚款决定，并可申请法院强制执行。
     
   • 信用惩戒：违法行为可能被纳入征信系统，影响个人或企业信用评级。

4. 特殊情形说明

   • 历史遗留问题：若占用行为发生在《土地管理法》修订前（如2019年修正前），可能适用旧法条款，但需以行政机关认定为准。
     
   • 公益性占用：如因抢险救灾等紧急情况临时占用，需按《基本农田保护条例》第十九条补办审批手续，否则仍属违法。
     
   • 误占情形：若因测量误差等非主观故意占用，需主动向自然资源部门说明情况，配合整改以减轻处罚。

建议：若已发生占用行为，应立即停止施工并联系当地自然资源部门说明情况，争取从轻处理；若面临处罚，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。