对于基本农田占地40平方米的处理，需根据具体违法情形和法律规定来综合判断，通常涉及责令改正、罚款、恢复原状等措施，若构成犯罪还可能追究刑事责任。以下是详细分析：

1. 违法性质认定：

   • 基本农田属于严格保护的耕地资源，任何未经批准擅自占用基本农田的行为均构成违法。根据《基本农田保护条例》第十七条及《土地管理法》相关规定，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。

2. 行政处理措施：

   • 责令改正：县级以上人民政府土地行政主管部门有权责令违法者限期改正或者治理，即要求立即停止违法行为，恢复基本农田原状。
   • 罚款：根据《土地管理法》第七十七条，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。具体到基本农田，由于保护力度更大，罚款标准可能接近上限。
   • 恢复原状：若占用行为已造成基本农田破坏，违法者需承担恢复原状的责任，包括但不限于填埋、平整、复垦等措施。

3. 刑事责任追究：

   • 若占用基本农田数量较大（通常指占用基本农田5亩以上）或者造成基本农田大量毁坏的，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，依法应处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。虽然40平方米未达到刑事立案标准，但若存在多次违法、抗拒执法等情节，可能加重处罚。

4. 特殊情形处理：

   • 临时用地：若因建设项目施工等需要临时占用基本农田，需依法办理临时用地审批手续，并缴纳土地复垦费用。临时用地期满后，应及时恢复种植条件并归还。
   • 历史遗留问题：对于因历史原因形成的少量占用基本农田行为，需结合当地政策进行妥善处理，可能涉及补办手续、调整规划或逐步退出等措施。

建议：

• 立即停止占用行为，避免进一步扩大违法后果。
• 主动与当地自然资源主管部门沟通，了解具体违法情形及整改要求。
• 积极配合执法部门调查，争取从轻或减轻处罚。
• 若对处理结果有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

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