占用40平方米基本农田属于违法行为，需承担法律责任并恢复土地原状，具体处理方式需结合违法情形和整改情况综合判断。以下从法律定性、处理流程、责任承担三个维度展开分析：

一、法律定性：占用基本农田的违法性

根据《土地管理法》第三十五条及《基本农田保护条例》第十七条，基本农田属于严格保护的耕地类型，未经依法批准不得占用或改变用途。即使占用面积仅40平方米（约0.06亩），仍构成违法用地行为，需承担行政责任甚至刑事责任。

二、处理流程：分阶段应对措施

1. 行政查处阶段

   • 自然资源部门（原国土部门）将启动立案调查，通过现场勘测、询问笔录等方式固定证据，确认违法事实。
     
   • 依据《土地管理法》第七十七条，责令限期改正（如退还土地、拆除地上建筑物），并可并处罚款（按占用面积处耕地开垦费2-5倍罚款，具体标准因地而异）。
     
   • 若拒不整改，可能被申请法院强制执行，并纳入信用惩戒名单。

2. 刑事追责风险

   • 若占用基本农田达到5亩以上，或占用一般耕地10亩以上且造成种植条件严重毁坏，可能触犯《刑法》第三百四十二条【非法占用农用地罪】，面临五年以下有期徒刑或拘役。
     
   • 本案虽未达刑事立案标准，但若存在多次违法、抗拒执法等情节，仍可能被从重处罚。

三、责任承担：违法后果与补救措施

1. 行政责任

   • 必须无条件退还非法占用的土地，恢复土地原状（如拆除建筑物、复垦）。
     
   • 罚款金额计算示例：若当地耕地开垦费标准为每亩2万元，则40平方米（约0.06亩）罚款范围为2,400元至6,000元。

2. 民事责任

   • 若占用行为导致相邻土地权益受损（如排水受阻、土壤污染），需承担赔偿损失、恢复原状等民事责任。

3. 补救建议

   • 立即停止施工，避免损失扩大；
     
   • 主动联系自然资源部门，配合调查并提交整改方案（如复垦计划）；
     
   • 申请补办用地手续：若符合规划且确需占用，可依法申请农用地转用审批，但基本农田调整需国务院批准，概率极低。

提示：基本农田保护是红线，任何占用行为均需承担法律后果。若已收到《责令改正违法行为通知书》，建议尽快委托律师介入，通过行政复议或诉讼争取减轻处罚。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对策略。