招标代理费用由中标单位支付，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律法规基础

1. 《中华人民共和国招标投标法》：该法第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。虽然该法并未直接规定招标代理费用的支付主体，但为招标代理服务费的收取提供了基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。
2. 政策调整与市场调节：相关政策文件，如《关于放开部分服务价格意见的通知》及后续文件，逐步放开了招标代理服务收费标准，由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性。

二、支付主体的约定与合法性

1. 常规做法：在大多数情况下，招标代理服务费通常由招标人支付。这是因为招标人是招标活动的发起者和受益者，从逻辑上讲，由其支付招标代理费较为合理。
2. 特别约定：若招标人、招标代理机构与投标人在招标文件中有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费可以由中标人支付。这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。例如，《中国招标投标协会关于贯彻<国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知>的指导意见》也明确指出，经事先约定，招标代理服务费可由中标人承担，并应在招标文件中注明。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确约定：为确保整个招标投标活动的合法性和公平性，招标人应在招标文件中明确招标代理服务费的收取标准、支付方式及支付主体等关键信息。这些约定应清晰、无歧义，并确保不违反法律法规的强制性规定。
2. 合理确定费用：招标代理机构应遵循诚信、公正的原则，合理确定服务费用。费用标准通常根据项目的中标金额、服务内容复杂程度等因素确定，并可在基准价基础上上浮或下浮一定比例，具体浮动范围需依据相关规定或当事人之间的约定执行。
3. 维护未中标单位权益：招标人与中标单位需在招标文件和合同中达成明确的共识，并确保该约定不会损害其他未中标单位的合法权益。例如，避免设置不合理的歧视性或排他性条款。

四、风险与建议

1. 风险：若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。例如，中标单位可能因费用承担问题而拒绝签订合同或提出索赔。
2. 建议：
   • 招标人在招标前应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述，以避免后续产生不必要的纠纷。
   • 中标单位在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或咨询专业律师（即向我咨询）。
   • 如遇纠纷，各方应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

综上所述，招标代理费用由中标单位支付在符合法律法规且事先明确约定的情况下是合法的。在实际操作中，建议各方遵循法律法规和行业惯例，确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。