供水经营者确实有权收取违约金，但这一权利的行使需严格遵循法律规定及合同约定。以下从法律依据、合同约定及实际操作三个角度进行详细分析：
法律依据
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。这为供水经营者收取违约金提供了基本的法律框架，即当用水方违约时，供水方有权要求其承担违约责任，违约金作为违约责任的一种形式，在此框架下具有合法性。
- 同时，《民法典》第五百八十五条明确规定了违约金的设定与调整原则。当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这进一步确认了供水经营者与用水方在合同中约定违约金的合法性。
地方性法规或规章：
- 除了国家层面的法律外，一些地方性法规或规章也可能对供水合同的违约金问题作出具体规定。这些规定通常结合当地实际情况，对违约金的计算方式、上限等进行了细化。因此，在具体案件中，还需考虑当地的相关法规或规章。
合同约定
- 合同自由原则：在供水合同中，供水经营者与用水方作为平等的民事主体，有权根据自愿、公平、诚实信用的原则，在合同中约定违约金的条款。这些条款通常包括违约金的数额、支付方式、支付时间等具体内容。
- 违约金条款的效力：一旦合同中的违约金条款被双方当事人确认并签署，即具有法律约束力。当用水方违约时，供水经营者有权依据合同约定要求其支付违约金。
实际操作与注意事项
违约金的合理性：
- 虽然供水经营者有权收取违约金，但违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于实际损失。如果违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
违约金的支付方式：
- 违约金通常以金钱形式支付，但也可以根据合同约定采取其他方式。无论采取何种方式，都应当明确、具体，并便于执行。
违约与赔偿损失的关系：
- 在供水合同中，如果用水方的违约行为给供水经营者造成了实际损失，供水经营者在要求支付违约金的同时，还可以要求赔偿损失。但需注意，违约金与赔偿损失在性质上有所不同，违约金具有惩罚性和补偿性双重性质，而赔偿损失则主要具有补偿性。
举例说明：假设某供水合同中约定，如果用水方未按期支付水费，需按未支付金额的5%支付违约金。若用水方未支付的水费为1000元，则供水经营者有权要求其支付50元的违约金。如果用水方认为违约金过高，可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
总结与建议：供水经营者在收取违约金时，应确保合同中有明确的违约金条款，并遵循法律规定的原则进行设定和调整。同时，在实际操作中，应注意违约金的合理性、支付方式以及与赔偿损失的关系等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。