农村收取自来水水费违约金是否合法，取决于具体的情形。

首先，如果自来水公司与用户之间签订了供用水合同，并且合同中明确规定了逾期未交付水费需支付违约金的条款，那么自来水公司按照合同约定收取违约金是合法的。例如，在某些地区，自来水公司可能会与用户签订《城市供用水合同》，其中约定了用水人逾期未交付水费需从逾期之日起每日按未交水费的一定比例（如0.5%）向供水人支付违约金。在这种情况下，如果用户逾期未交水费，自来水公司有权按照合同约定收取违约金。

其次，如果自来水公司与用户之间没有签订供用水合同，或者合同中未明确规定逾期未交付水费需支付违约金的条款，那么自来水公司收取违约金就没有法律依据，用户有权拒绝支付。

此外，即使合同中规定了违约金条款，自来水公司在收取违约金时也应当遵循公平、合理、合法的原则。如果违约金数额过高或者收取方式不合理，用户也有权向相关部门投诉或者寻求法律救济。

综上所述，农村收取自来水水费违约金是否合法取决于具体的情形。如果你对此类问题有疑问或者遇到了相关的纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。