结论前置：跟公司签三方协议是否有违约金，主要取决于协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。若协议中有明确约定且符合法律条件，则违约方需支付违约金；若协议中未约定或约定不符合法律规定，则无需支付违约金。以下从多个角度进行详细分析：
一、三方协议的性质与法律效力
三方协议，通常指的是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是毕业生、用人单位和学校三方共同签订的就业意向协议。虽然它并非正式的劳动合同，但同样受到法律的保护，对签约各方具有约束力。这意味着，协议中的条款，包括违约金的约定，一旦签订，就具有法律效力。
二、违约金的约定与支付条件
有约定则支付：
- 如果三方协议中明确约定了违约责任是支付违约金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在符合约定的违约情形时，违约方需按照协议支付相应的违约金。例如，用人单位为毕业生提供了专项培训费用，并在协议中约定了服务期和违约金条款，毕业生违反服务期约定的，就应按约定支付违约金。但需注意，违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用或特殊待遇的价值，且应合理，过分高于实际损失的，人民法院或仲裁机构可根据当事人请求予以适当调整。
无约定则无需支付：
- 如果三方协议中没有对违约金作出具体约定，或者违约情形不属于协议中约定的需要支付违约金的具体情形，那么在一方违约的情况下，另一方不得要求违约方支付违约金。
三、特殊情况下的违约金处理
专项培训费用与竞业限制：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。同时，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以与其约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。这些规定同样适用于三方协议中的相关约定。
试用期内与用人单位违法行为：
- 在试用期内，劳动者提前三日通知用人单位即可解除劳动合同，无需支付违约金。若用人单位存在未按照劳动合同约定提供劳动保护、未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等违法行为，劳动者可解除劳动合同且无需支付违约金。这些情形在三方协议中同样适用，如果毕业生在试用期内或因用人单位违法行为而解除协议，通常无需支付违约金。
四、遇到纠纷时的处理方式
当因三方协议中的违约金问题产生纠纷时，毕业生可以向公司所在地的劳动局提起劳动仲裁以保护自身合法权益。在仲裁过程中，应提供充分的证据来支持自己的主张，如协议文本、沟通记录、培训费用凭证等，并确保所有行为符合法律法规的要求。
建议：在签订三方协议前，建议各方仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的部分，确保充分理解各自的权利和义务。如有必要，可向我进一步咨询以获取更详细的法律意见和指导。