三方协议中双方是否都有违约金，主要取决于协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、三方协议的性质与违约金的约定
三方协议，作为明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面表现形式，其法律效力不容忽视。虽然它并非正式的劳动合同，但同样受到法律的保护，对签约各方具有约束力。在三方协议中，违约金的约定是双方意思自治的体现，只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
二、双方违约金的约定情况
双方均约定违约金：
- 在三方协议中，毕业生和用人单位可以分别约定各自的违约责任，包括支付违约金。这意味着，如果毕业生违约，可能需要向用人单位支付违约金；同样，如果用人单位违约，也可能需要向毕业生支付违约金。这种约定方式有助于保障协议的顺利履行，维护各方的合法权益。
仅一方约定违约金：
- 也有可能三方协议中仅约定了一方的违约责任，即只有毕业生或用人单位中的一方需要承担违约金责任。这种情况下，未约定违约金的一方在违约时，通常不需要支付违约金，但可能需承担其他形式的违约责任，如赔偿损失等。
双方均未约定违约金：
- 如果三方协议中没有对违约金作出具体约定，那么在一方违约的情况下，另一方通常不得要求违约方支付违约金。但违约方仍需承担因违约给对方造成的实际损失赔偿责任。
三、违约金的合理性审查与调整
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金应当合理，不得过分高于或低于实际损失。如果违约金过高或过低，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当调整。这意味着，即使三方协议中约定了违约金，其数额也可能在后续的法律程序中受到审查和调整。
四、特殊情况下的违约金处理
- 在某些特殊情况下，如因不可抗力等不可预见、不可避免的原因导致一方无法履行协议约定的，一般不承担违约责任。此外，对于一些特殊情况，如考上公务员或研究生等，部分地区的政策或学校规定可能允许毕业生在一定条件下免除违约金责任。但这通常需要满足一定的条件和程序，如提前通知用人单位、提供相关证明文件等。
五、建议与应对措施
- 仔细阅读协议：在签订三方协议前，务必认真阅读并理解协议内容，特别是关于违约责任的约定。这有助于避免后续因对协议条款理解不清而产生的纠纷。
- 协商解决：若确实需要违约，应首先尝试与对方进行友好协商，看是否能达成一致意见，避免或减少违约金的支付。
- 法律途径：若协商无果，且认为违约金约定不合理或存在争议，可通过法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。
举例说明：假设一份三方协议中明确约定，如果毕业生未按照协议约定到用人单位报到或工作，需向用人单位支付5000元违约金；同时，如果用人单位未按照协议约定为毕业生提供工作岗位或待遇，也需向毕业生支付5000元违约金。在这种情况下，如果毕业生或用人单位中的任何一方违约，都需要按照协议约定支付相应的违约金。
总结来说，三方协议中双方是否都有违约金，主要取决于协议中的具体约定。在签订协议时，各方应谨慎对待每一个条款，特别是关于违约责任的约定，以确保自身权益得到妥善保护。如果您在签订或履行三方协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。