结论：没有签正式合同但有三方协议的情况下，是否会有违约金，主要取决于三方协议中的具体约定以及实际情况。以下从多个角度进行分析：

一、三方协议的性质与违约金约定

1. 三方协议定义：三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它并非必须签订的协议，而是一种约定性文件。

2. 违约金约定：三方协议中可以约定违约金条款，以约束各方行为。若协议中明确规定了违约金条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么在一方违反协议约定时，另一方有权要求其支付违约金。

二、无需支付违约金的常见情况

1. 未签订三方协议：若三方均未签订该协议，自然不存在基于该协议的违约金支付义务。

2. 协议中无违约金条款：即使签订了三方协议，但如果其中没有明确约定违约金条款，那么在违约时也不需要支付违约金。

3. 存在免责事由：若因不可抗力等免责事由无法履行三方协议，或用人单位同意毕业生不入职，则毕业生可能无需支付违约金。

三、可能需要支付违约金的特殊情况

1. 存在其他形式的约定：虽然没有签订正式的三方协议文本，但如果双方通过口头形式、电子邮件、备忘录等其他书面形式对相关事项进行了约定，并且明确约定了违约金条款，那么在一方违反约定的情况下，另一方可能有权要求其支付违约金。但这种情况下主张违约金需要提供充分的证据来证明约定的存在和内容。

2. 构成缔约过失责任：在订立合同（包括三方协议）的过程中，如果一方违反了诚实信用原则，给对方造成了损失，那么即使合同最终没有成立，也可能需要承担缔约过失责任，赔偿对方因此而遭受的损失。这种损失赔偿在某些情况下可能类似于违约金的性质。

3. 专项培训与服务期约定：如果用人单位为毕业生提供了专项培训费用并进行了专业技术培训，同时双方约定了服务期，而毕业生在服务期内离职的，可能需要按照约定支付违约金。这一情形是基于《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条的规定，但需要注意的是，这一规定通常适用于已经签订劳动合同的情况。然而，在三方协议中如果也有类似约定，并且该约定不违反法律法规，那么也可能产生类似的法律效果。

四、法律建议

1. 仔细阅读协议条款：在签订三方协议时，应仔细阅读协议内容，特别是关于违约和赔付的部分，以确保自己充分了解并接受协议条款。

2. 保留相关证据：如果双方通过其他形式对相关事项进行了约定，并且明确约定了违约金条款，那么应保留好相关证据，以便在发生纠纷时能够证明约定的存在和内容。

3. 及时咨询：如果遇到关于违约金支付的争议或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供准确的法律意见和帮助。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

希望以上分析能够对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。