市场监督管理部门针对商家利用营业执照进行违法行为的处理方式，核心结论是：市场监督管理部门应依法履行监管职责，采取调查、处罚、信用监管及移送司法机关等措施，具体如下：

1. 立案调查与证据收集
   市场监督管理部门在发现商家利用营业执照从事违法行为（如虚假宣传、欺诈消费者、非法经营等）后，应立即启动立案程序。通过现场检查、询问当事人、调取账目、电子数据等方式固定证据，确认违法事实及主体。例如，若商家伪造营业执照信息销售假冒商品，需调取其营业执照副本、销售记录、消费者投诉材料等作为证据。

2. 行政处罚与纠正措施
   根据《市场主体登记管理条例》《反不正当竞争法》《消费者权益保护法》等法规，市场监管部门可对商家作出以下处罚：

   • 警告、罚款：如商家未按规定公示营业执照或使用虚假信息，可处以警告或罚款（如《市场主体登记管理条例》第48条）；
     
   • 吊销营业执照：对情节严重的违法行为（如非法经营、严重欺诈），可吊销其营业执照，禁止其继续从事经营活动；
     
   • 责令整改：要求商家停止违法行为，如下架问题商品、修复虚假宣传内容等。

3. 信用监管与联合惩戒
   市场监管部门会将商家违法行为录入国家企业信用信息公示系统，公开其违法记录，实施信用约束。例如，对被吊销营业执照的商家，其法定代表人可能被限制担任其他企业高管；对严重失信主体，可联合税务、银行等部门实施联合惩戒，限制其贷款、招投标等资格。

4. 移送司法机关与刑事追责
   若商家行为涉嫌犯罪（如生产销售伪劣产品罪、非法经营罪），市场监管部门应将案件移送公安机关立案侦查。例如，商家利用营业执照伪造进口商品证明文件，涉案金额较大的，可能构成刑事犯罪，需依法追究刑事责任。

5. 消费者权益保护与救济
   市场监管部门应指导消费者通过12315平台投诉，或协助其通过诉讼、仲裁等方式维权。例如，对因商家违法行为受损的消费者，可要求商家赔偿损失，或支持消费者集体诉讼。

温馨提示：若您发现商家存在利用营业执照违法经营的行为，可向当地市场监管部门举报（如拨打12315），或直接向我咨询具体法律问题，我将为您提供详细解决方案。