结论：不属于劳动合同只是合作协议的情况下，可以签署第三方协议，但具体能否签署以及签署后的法律效力，需根据合作协议的具体内容、签署目的及各方权利义务的约定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合作协议与劳动合同的本质区别
合作协议与劳动合同在法律性质上存在显著差异。劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，它受到《劳动法》、《劳动合同法》等劳动法律法规的严格规范。而合作协议则通常是平等主体之间为了共同实现某一目标或完成某一任务而订立的协议，其法律性质更接近于民事合同，受《民法典》等民事法律法规的调整。
二、签署第三方协议的可行性
法律层面：从法律角度来看，合作协议的双方（或多方）在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上，有权根据合作需要签署第三方协议。这种协议只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
协议内容层面：合作协议中是否允许签署第三方协议，以及签署第三方协议的具体条件和限制，应取决于合作协议本身的约定。如果合作协议中明确规定了可以签署第三方协议，或者未对此作出禁止性规定，那么双方（或多方）在协商一致的基础上，可以签署第三方协议。
三、签署第三方协议时需注意的法律问题
明确各方权利义务：在签署第三方协议时，应明确各方在协议中的权利义务，包括但不限于合作内容、合作方式、合作期限、收益分配、风险承担等。这有助于避免后续因权利义务不明确而产生的纠纷。
遵守法律法规：签署第三方协议时，应确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。否则，协议可能因违法而无效，给各方带来不必要的损失。
保护商业秘密和知识产权：如果合作涉及商业秘密或知识产权的共享或转让，应在协议中明确约定保密义务和知识产权归属等问题，以保护各方的合法权益。
四、实际案例与风险提示
在实际操作中，因签署第三方协议而引发的纠纷并不少见。例如，某合作协议双方在未明确约定的情况下，擅自与第三方签署了与原合作协议内容相冲突的协议，导致原合作协议无法继续履行，双方因此产生纠纷。因此，在签署第三方协议前，建议各方充分沟通、协商一致，并明确约定相关条款，以降低法律风险。
总结与建议：不属于劳动合同只是合作协议的情况下，可以签署第三方协议，但需根据合作协议的具体内容、签署目的及各方权利义务的约定来综合判断。在签署前，建议各方充分沟通、协商一致，并明确约定相关条款，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。