在拆除违法建筑的过程中，通常需要先提交方案，再签订相关合同或协议。具体分析如下：
提交方案是前置程序：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，拆除违法建筑前，相关部门（如城市管理综合行政执法部门或规划部门）需要先对违法建筑进行认定，并制定拆除方案。
- 拆除方案通常包括拆除的范围、方式、时间、安全保障措施等内容，是确保拆除工作合法、有序进行的重要依据。
签订合同或协议的时机：
- 在提交并审核通过拆除方案后，相关部门或单位（如政府、开发商、业主等）可能会与拆除施工单位签订拆除合同或协议。
- 合同或协议中会明确双方的权利义务，包括拆除费用、工期、质量标准、安全责任等条款，是保障双方权益的重要法律文件。
特殊情况下的处理：
- 如果拆除工作由政府直接组织或委托，可能不需要单独签订拆除合同，但会通过行政命令、决定书等形式明确拆除要求和责任。
- 在某些情况下，如果违法建筑的所有人或使用人自愿配合拆除，可能会签订自愿拆除协议，明确拆除的意愿、时间、方式等。