结论前置：员工吃店里的寿司是否违法及如何处理，需分情况讨论，具体如下：

1. 若员工未经允许擅自食用店内寿司
   从法律角度，这可能涉及侵占公司财物或盗窃行为，具体取决于寿司的价值及公司规定。

   • 侵占公司财物：若寿司属于公司财产（如用于销售或客户试吃），员工未经许可食用，可能违反公司规章制度，甚至构成《刑法》中的职务侵占罪（若数额较大）。但实践中，单次食用少量寿司通常不构成犯罪，更多属于违反公司纪律。
     
   • 盗窃：若寿司被明确视为他人所有（如客户寄存或私人财产），员工擅自食用可能构成《治安管理处罚法》中的盗窃行为，情节较轻的可能面临行政处罚（如罚款、拘留）。
     处理建议：公司可依据内部规章制度对员工进行警告、扣发奖金或解除劳动合同；若涉及金额较大或多次行为，可报警处理。

2. 若公司允许员工食用店内寿司（如福利或试吃）
   若公司明确允许员工在特定条件下食用寿司（如员工餐、试吃活动），则员工行为合法，不构成违法。
   处理建议：公司无需采取法律措施，但可完善相关制度（如规定食用范围、数量），避免浪费或管理混乱。

3. 若员工误食或因工作需要食用

   • 误食：如员工误将寿司当作废弃物处理而食用，通常不构成违法，但公司可提醒员工注意区分。
     
   • 工作需要：如员工因制作、检查寿司质量而食用，属于合理工作行为，但需符合公司规定（如记录消耗量）。
     处理建议：公司可加强培训，明确工作规范，避免类似情况引发纠纷。

总结：员工吃店内寿司是否违法，关键看是否经过公司允许及寿司的性质。若未经允许，可能涉及侵占或盗窃；若允许，则属合法行为。公司应根据具体情况采取相应措施，既有制度约束，也需人性化管理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。