旷工扣工资，一般应按照应发工资进行扣除，但具体扣除方式需结合公司规章制度及劳动合同约定，且扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，同时扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。以下是对此问题的详细分析：
一、应发工资与实发工资的区别
- 应发工资：即劳动者在正常工作时间内应获得的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有应计入工资的部分。
- 实发工资：即劳动者实际收到的工资，是应发工资扣除社保、公积金、个人所得税等费用后的剩余部分。
二、旷工扣工资的法律依据与原则
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
扣除原则：
- 合理性原则：旷工扣工资应基于劳动者旷工的事实，且扣除的金额应合理，不得过度惩罚。
- 合法性原则：扣除工资的行为必须符合法律法规的规定，不得违反最低工资标准等强制性规定。
- 约定优先原则：若劳动合同或公司规章制度中有明确约定旷工扣工资的方式和标准，则应优先适用约定。
三、旷工扣工资的具体操作
按照应发工资扣除：
- 在大多数情况下，旷工扣工资是按照应发工资进行扣除的。这是因为应发工资是劳动者应得的全部工资，扣除旷工部分后，更能体现劳动者因旷工而减少的收入。
- 例如，若劳动者应发工资为5000元，旷工一天，公司规章制度规定旷工一天扣除当天工资的200%（假设此比例合法且未超过当月工资的20%），则扣除金额为应发工资中当天应得部分（假设为200元）的200%，即400元（但实际操作中，扣除比例通常不会如此高，且需确保扣除后剩余工资不低于最低工资标准）。不过，更常见的做法是直接扣除当天应发工资的全部或一定比例（如50%、100%等），具体需根据公司规章制度执行。
扣除限制：
- 无论按照何种方式扣除，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 公司应在规章制度中明确旷工扣工资的具体方式和标准，并确保该规章制度经过民主程序制定且已告知劳动者。
- 劳动合同中也可以对旷工扣工资进行约定，但约定不得违反法律法规的强制性规定。
四、特殊情况下的处理
- 若公司规章制度或劳动合同中未明确旷工扣工资的方式和标准，则公司应与劳动者协商确定。若协商不成，公司可参照行业惯例或当地劳动行政部门的规定进行处理。
- 若劳动者对旷工扣工资有异议，可向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：旷工扣工资一般应按照应发工资进行扣除，但具体扣除方式需结合公司规章制度及劳动合同约定。在扣除时，需确保扣除部分不超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。