结论前置：公司以办理工作居住证为由要求离职赔偿，是否合法需分情况讨论，一般情况下不合法，但若存在特殊约定或情况则可能合法。以下为详细分析：
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者解除劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。用人单位不得以办理工作居住证等为由，要求劳动者支付违约金或赔偿金，除非符合法律规定的特定情形。
分析说明：
- 工作居住证是用人单位为吸引和留住人才而提供的一种福利或便利，它并非劳动合同的必备条款，也不是劳动者必须履行的义务。因此，公司不能以办理工作居住证为条件，要求劳动者在离职时支付赔偿。
- 如果公司在劳动合同或相关协议中未明确约定离职时需因工作居住证而支付赔偿，那么公司要求离职赔偿的行为就缺乏法律依据，是不合法的。
二、特殊情况下可能合法
特殊约定：
- 如果公司在与劳动者签订劳动合同时，明确约定了因办理工作居住证而产生的相关费用（如办理费、年审费等）由劳动者承担，并且在离职时需要按照一定比例或金额进行赔偿，那么这种约定在双方自愿、平等的基础上是有效的。但需要注意的是，这种约定必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗和强制性法律规定。
劳动者违约：
- 如果劳动者在办理工作居住证后，违反了与公司之间的相关约定（如未满服务期离职、泄露公司机密等），导致公司遭受损失，那么公司有权要求劳动者承担相应的赔偿责任。但这种赔偿应当基于劳动者的实际违约行为和公司的实际损失来确定，而不是简单地以办理工作居住证为由要求赔偿。
三、建议与提醒
审查合同条款：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于离职赔偿、违约金等方面的约定。如果发现不合理的条款，应及时与公司协商修改或拒绝签订。
保留相关证据：
- 劳动者在办理工作居住证过程中，应保留好相关证据（如办理费用发票、协议等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 如果公司以办理工作居住证为由要求离职赔偿，且劳动者认为这种要求不合法或不合理，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。
如有更多关于劳动纠纷的问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。