核心结论：当合同上的工资与实际发放的工资存在很大差别时，劳动仲裁的计算方式主要依据实际发放的工资，但也会综合考虑合同约定、公司规章制度、劳动者的工作表现及行业惯例等因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 实际发放工资作为基础：

   • 在劳动仲裁中，实际发放的工资是计算各项劳动权益（如加班费、经济补偿金、赔偿金等）的基础。如果合同上的工资与实际发放的工资不一致，且劳动者能提供证据证明实际发放的工资数额，那么劳动仲裁机构通常会以实际发放的工资为准进行计算。

2. 合同约定的参考作用：

   • 尽管实际发放的工资是计算基础，但合同上的工资约定并非完全无效。它可能作为判断公司是否存在故意降低工资、违反合同约定等行为的参考。如果公司未能按照合同约定支付工资，且无法提供合理理由，那么劳动仲裁机构可能会认定公司存在违法行为，并据此作出裁决。

3. 公司规章制度与行业惯例的考量：

   • 在某些情况下，公司规章制度或行业惯例也可能对工资计算产生影响。例如，如果公司规章制度中明确规定了工资的计算方式或调整机制，且该制度已经过民主程序制定并公示，那么劳动仲裁机构在裁决时可能会考虑这些因素。同样，如果行业惯例对工资计算有明确规定，且该惯例不违反法律法规的强制性规定，那么也可能被作为裁决的参考。

4. 劳动者工作表现与工资调整：

   • 劳动者的工作表现也是影响工资计算的一个重要因素。如果劳动者在工作中表现出色，公司可能会根据其表现给予奖励或提高工资。相反，如果劳动者工作表现不佳，公司可能会降低其工资或采取其他惩罚措施。在劳动仲裁中，如果公司能够提供证据证明工资调整与劳动者的工作表现相关，且调整幅度合理，那么劳动仲裁机构可能会认可这种调整。

5. 具体计算方式与示例：

   • 以加班费计算为例，如果合同上约定的工资为月薪5000元，但实际每月发放的工资为6000元（其中包含加班费1000元），那么在计算加班费时，应以实际发放的工资（扣除加班费后的部分）作为基数进行计算。即，如果劳动者在某个月份加班了10小时，且该月份的工作日天数为21.75天，那么加班费应为：\((6000-1000)\div21.75\div8\times10\times1.5\)（假设加班费按照1.5倍计算）。当然，具体计算方式还需根据当地的法律法规和公司的规章制度来确定。

法律建议：

• 如果您发现合同上的工资与实际发放的工资存在很大差别，建议您首先与公司进行沟通协商，要求公司按照合同约定或实际发放的工资标准支付劳动报酬。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构提起劳动仲裁申请，要求公司支付拖欠的工资、加班费、经济补偿金等劳动权益。
• 在提起劳动仲裁申请前，建议您收集好相关证据材料，如劳动合同、工资条、银行转账记录、工作记录等，以便在仲裁过程中证明自己的主张。

可能法律后果：

• 如果公司被认定存在拖欠工资、违反合同约定等违法行为，那么劳动仲裁机构可能会裁决公司支付拖欠的工资、加班费、经济补偿金等劳动权益，并可能对公司处以罚款等行政处罚。
• 如果公司拒不履行劳动仲裁裁决，那么您还可以向人民法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。