关于邻居种树超过三年是否合法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若树木种植未侵犯相邻权：

   • 如果邻居种植的树木没有侵犯到您的相邻权，比如没有遮挡您的阳光、没有破坏您的房屋地基、没有侵占您的土地等，那么邻居种植树木的行为，无论超过多少年，都是合法的。相邻权是法律赋予不动产权利人的一项基本权利，旨在保障不动产权利人之间能够和睦相处，合理利用不动产。只要邻居的种树行为没有违反这一原则，就无需担心合法性问题。

2. 若树木种植侵犯相邻权：

   • 如果邻居种植的树木侵犯了您的相邻权，比如树木生长过高遮挡了您的阳光，导致您家中采光不足；或者树木根系发达，破坏了您的房屋地基；或者树木侵占了您的土地，导致您无法正常使用自己的土地等，那么邻居的种树行为就可能构成侵权。在这种情况下，即使树木已经种植超过三年，您仍然有权要求邻居停止侵权行为，并可能要求赔偿损失。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果一方违反这一原则，给相邻方造成妨碍或者损失的，应当停止侵害，排除妨碍，赔偿损失。

3. 关于树木种植的合法性还可能受到地方性法规或规章的约束：

   • 除了上述相邻权的问题外，树木的种植还可能受到地方性法规或规章的约束。比如，某些地区可能对树木的种植品种、种植位置、种植密度等有具体规定。如果邻居的种树行为违反了这些规定，那么即使没有侵犯您的相邻权，也可能面临行政处罚或其他法律责任。

建议：

• 如果您发现邻居的种树行为可能侵犯了您的相邻权或违反了地方性法规或规章，建议您先与邻居进行友好协商，尝试通过沟通解决问题。
• 如果协商无果，您可以向当地的居委会、村委会或相关部门寻求帮助，或者考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

总结：邻居种树超过三年是否合法，取决于树木的种植是否侵犯了您的相邻权或违反了地方性法规或规章。如果您对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。