结论前置：三方协议是否可以盖门店的章，需根据门店的主体资格、协议性质及印章合法性综合判断。在多数情况下，仅盖门店章可能存在法律效力风险，建议优先使用具有法人资格的公章或合同专用章。以下从不同角度详细分析：

一、门店的主体资格

1. 具备独立法人资格的门店
   若门店是依法登记的独立法人（如分公司、子公司），且经营范围与协议内容匹配，则其盖章具有法律效力。例如：某连锁餐饮企业的分公司与供应商、物流方签订食材采购协议，加盖分公司公章，协议有效。

2. 不具备独立法人资格的门店
   若门店仅为企业的分支机构（如个体工商户的门店、未登记的分公司），通常不具备独立承担民事责任的能力。此时仅盖门店章可能导致协议效力存疑。例如：某个体工商户的服装店与批发商、物流方签订销售协议，若仅盖门店章而未加盖个体工商户公章，协议可能因主体不适格被认定无效。

二、协议的性质与要求

1. 协议对主体无特殊限制
   若三方协议仅涉及一般民事合作（如商品采购、服务提供），且未明确要求签署方必须具备法人资格，则门店盖章可能有效。但需确保门店实际参与协议履行，且盖章行为是其真实意思表示。

2. 协议对主体有特殊限制
   若协议基于特定行业规范或法律要求（如建筑工程、金融合作），明确要求签署方需具备特定资质或法人资格，则门店盖章可能无效。例如：三方签订建筑工程分包协议，若门店无建筑施工资质，即使盖章也无效。

三、印章的合法性与有效性

1. 合法备案的印章
   门店使用的印章需经工商行政管理部门备案登记（如公章、合同专用章）。若加盖的是合法印章，且盖章行为真实，协议效力较高。例如：某连锁药店的门店使用经备案的合同专用章签订药品采购协议，协议有效。

2. 非法或无效印章
   若门店使用伪造、未经备案的印章，或盖章行为受欺诈、胁迫，则协议效力可能受影响。例如：门店印章被盗用签订虚假协议，协议效力需根据具体情形判断。

四、法律建议与风险提示

1. 优先使用法人公章
   为降低法律风险，建议三方协议加盖具有法人资格的公章或合同专用章。若门店必须参与签署，可要求其同时加盖上级法人公章，或由法人出具授权委托书。

2. 核实门店资质与印章
   签署前需核实门店的营业执照、经营范围及印章备案情况。可通过国家企业信用信息公示系统查询门店登记信息，或要求其提供印章备案证明。

3. 保留证据材料
   签署后妥善保管协议原件、门店资质证明及沟通记录等材料，以备纠纷时举证。

总结：三方协议盖门店章的效力需结合门店主体资格、协议性质及印章合法性综合判断。为确保协议有效，建议优先使用法人公章，并核实门店资质与印章备案情况。如有疑问，可直接向我咨询建设工程、破产重组领域的法律问题。