关于三方协议是否可以盖店铺的章子，这个问题需要具体分析店铺的法律地位以及盖章行为是否获得了合法授权。
首先，我们要明确“店铺”在法律上的可能身份。店铺可能是个体工商户，也可能是企业或组织的分支机构。这两种身份在法律上的地位和权利是不同的，因此盖章的效力也会有所差异。
如果店铺是个体工商户： 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，个体工商户可以起字号，并以自己的名义参与民事活动。在这种情况下，如果个体工商户的经营者在三方协议上加盖了店铺的印章，且该行为是其真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这个盖章行为是有效的。这意味着三方协议在这种情况下是具有法律效力的。
如果店铺是企业或组织的分支机构： 根据《中华人民共和国民法典》的规定，法人可以依法设立分支机构，但分支机构以自己的名义从事民事活动时，产生的民事责任由法人承担。如果店铺仅是某个企业或组织的分支机构，并且该分支机构未经总公司授权，没有独立签订合同的权利，那么在三方协议上盖章可能会导致协议效力存在瑕疵。因为这种情况下，分支机构的盖章可能被视为无权代理行为，根据法律规定，这样的行为未经被代理人（即总公司）追认，对被代理人不发生效力。
实际操作建议：
核实店铺身份：在签订三方协议前，务必核实店铺的法律身份，确认其是否具备独立的法人资格或是否获得了总公司的授权。
要求使用正式印章：为了确保三方协议的合法性和有效性，建议要求用人单位（即店铺或其总公司）在协议上加盖具有法人资格的公章或合同专用章。
保留相关证据：签订协议后，务必妥善保管好协议原件以及用人单位的相关资质证明（如营业执照复印件等），以备不时之需。
综上所述，三方协议是否可以盖店铺的章子，取决于店铺的法律地位及盖章行为是否获得合法授权。在实际操作中，应谨慎审查并遵循相关法律法规，以确保协议的合法有效。