结论：村里写好的协议中，若双方同意推翻第一项，其他条款是否有效需视具体情况而定，但通常情况下，其他条款在符合法律规定且未被明确废止或修改的情况下，仍然有效。
分析说明：
协议条款的独立性：
- 协议中的各项条款通常是相互独立的，除非条款之间存在明确的依赖关系或条件关系。因此，当双方同意推翻某一特定条款（如第一项）时，这并不意味着整个协议都失效或所有条款都被推翻。
- 除非协议中有明确规定，如“若某一条款被废止，则整个协议无效”或“某一条款的废止将影响其他条款的效力”，否则其他条款的效力通常不受影响。
双方的真实意思表示：
- 协议的有效性取决于双方的真实意思表示。如果双方在推翻第一项的同时，明确表示或暗示其他条款仍然有效，或者通过行为表明他们继续受其他条款的约束，那么这些条款将继续有效。
- 如果双方在推翻第一项后，对其他条款的效力产生了争议，那么需要依据协议的具体内容、双方的行为以及相关法律法规来综合判断。
法律法规的适用：
- 即使双方同意推翻协议中的某一项，其他条款也必须符合法律法规的规定才能继续有效。如果其他条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款将被视为无效。
- 例如，如果协议中的某一条款涉及非法活动或违反公序良俗，那么即使双方没有明确推翻该条款，该条款也将被视为无效。
特殊场景：
- 协议整体性条款：如果协议中包含整体性条款，如“本协议的所有条款构成一个整体，任何条款的废止或修改都将影响整个协议的效力”，那么推翻第一项可能会对整个协议的效力产生影响。但这种情况需要具体分析协议的具体内容和双方的意图。
- 后续协议或补充协议：如果双方在推翻第一项后，签订了后续协议或补充协议来明确其他条款的效力，那么这些后续协议或补充协议将具有优先效力。
行动建议：
- 审查协议内容：仔细审查协议的具体内容，特别是关于条款独立性和整体性的规定，以及双方对其他条款效力的明确表示。
- 咨询法律意见：如果双方对其他条款的效力存在争议，建议咨询专业律师以获取法律意见。律师将能够根据协议的具体内容、双方的行为以及相关法律法规来综合判断其他条款的效力。
- 签订补充协议：如果双方希望明确其他条款的效力，可以考虑签订补充协议来进一步明确双方的权利和义务。
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