双方在村委会的协调下达成的协议，在满足一定条件下是具有法律效力的。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议有效的基本条件
主体适格：
- 村委会作为基层群众性自治组织，在管理村集体事务、经营村集体资产等方面具有一定的民事主体资格。其签订协议的事项需属于职责和权限范围内。
- 协议的另一方需为具备完全民事行为能力的自然人、法人或其他组织，能够理解协议内容并意识到自己行为的法律后果。
意思表示真实：
- 协议必须是双方自愿、真实的意愿表达，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。双方应对协议内容进行充分协商，达成一致意见后再签订。
内容合法：
- 协议内容必须符合法律规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。应明确双方的权利和义务，内容清晰、具体，无歧义。
形式合法：
- 根据《民法典》的相关规定，书面协议自双方签字盖章时成立。涉及重要事项时，必须采用书面形式并履行必要的备案程序。
二、村委会协调下的特殊考虑
调解程序与主体合法性：
- 如果协议是在村委会设立的人民调解委员会的主持下达成的，并且双方当事人都签字或盖章确认，那么这份调解协议具有法律约束力。根据《中华人民共和国人民调解法》第三十一条，经人民调解委员会调解达成的调解协议，当事人应当按照约定履行。
- 如果协议仅仅是由村干部个人进行调解并签署的，而没有经过人民调解委员会的程序，那么这份协议本身并不直接具有法律效力。但村干部的调解行为可以作为双方协商的见证，如果双方后续能够就协议内容达成一致并签字确认，那么协议仍然可以具有法律效力。
民主议定程序的必要性：
- 涉及村民重大利益的事项（如集体资产处置、土地承包经营权流转等）需经村民会议或村民代表会议讨论决定。未经法定表决程序签订的协议可能被认定无效。
三、协议效力的确认与救济
- 对协议效力存疑或因协议发生纠纷时，当事人可以向人民法院提起诉讼，由法院对协议的效力进行审查和认定。
- 如协议有效且一方不履行，另一方可依法向法院提起诉讼，要求对方履行协议或承担违约责任。
四、实际应用中的建议
- 确保主体适格：在签订协议前，确认双方是否具备签订协议的民事主体资格。
- 充分协商并明确内容：双方应对协议内容进行充分协商，确保意思表示真实，并明确双方的权利和义务。
- 遵守法定程序：涉及重要事项时，应遵守法定程序，如经过村民会议或村民代表会议讨论决定，并采用书面形式签订协议。
- 保留证据：在签订和履行协议过程中，保留好相关证据，如书面协议、签字确认文件等，以备不时之需。
举例说明：假设村民A与村民B因土地承包问题发生纠纷，双方在村委会的协调下达成了一份调解协议。如果这份协议是在村委会设立的人民调解委员会的主持下达成的，并且双方当事人都签字或盖章确认，那么这份协议就具有法律约束力。如果一方不履行协议，另一方可以依法向法院提起诉讼要求对方履行。
综上所述，双方在村委会的协调下达成的协议在满足一定条件下是具有法律效力的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。