在处理医药公司辞退员工的赔偿问题时，我们首先要明确的是，这主要取决于辞退行为的合法性以及员工的具体情况，比如是否处于医疗期等。接下来，我将根据不同的情形，为您详细阐述赔偿的标准和计算方法。

一、合法解除劳动合同的情形及补偿

如果医药公司是在员工医疗期满后，且员工不能从事原工作，也不能从事由公司另行安排的工作的情况下，按照法定程序（如提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资）解除劳动合同的，那么公司需要按照员工在本单位的工作年限，以每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。具体来说：

• 经济补偿的计算：每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
• 特殊情形：如果员工的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资的三倍来计算，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

二、违法解除劳动合同的情形及赔偿

如果医药公司在员工医疗期内，或者未遵循法定程序（如未提前通知或未支付代通知金）直接辞退员工，那么这就构成了违法解除劳动合同。在这种情况下，公司需要按照经济补偿标准的两倍向员工支付赔偿金。具体计算方法如下：

• 赔偿金的计算：赔偿金 = 经济补偿标准的二倍 × 工作年限对应的月数。其中，经济补偿标准同上，工作年限对应的月数根据员工在本单位的工作年限确定。
• 举例说明：假设某员工月平均工资为5000元，工作了3年零4个月，在医疗期内被违法辞退，那么其应获得的赔偿金为：5000元 × 3.5个月（3年×1个月/年 + 4个月÷2）× 2 = 35000元。

三、实际操作建议

1. 明确辞退性质：在处理此类纠纷时，首先要判断公司的辞退行为是否合法，这是确定补偿或赔偿标准的关键。
2. 计算具体金额：根据辞退的性质和员工的工作年限、月工资等因素，准确计算应支付的经济补偿或赔偿金。
3. 咨询专业律师：鉴于劳动法律关系的复杂性，建议在处理此类问题时咨询专业律师，以确保权益得到充分保护。

综上所述，医药公司辞退员工的赔偿问题需要根据具体情况来具体分析。如果是合法解除劳动合同，那么公司需要按照法定标准支付经济补偿；如果是违法解除劳动合同，那么公司需要支付赔偿金。在处理此类问题时，建议员工先与公司进行协商，如果协商不成，可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。