医院给新生儿采血样进行疾病筛查是合法的，但这一行为必须严格遵循相关的法律法规和操作规范。

首先，从法律法规层面来看，《新生儿疾病筛查管理办法》明确规定了新生儿疾病筛查的相关要求，包括筛查项目、服务流程、知情同意等。这一办法的出台，旨在保障新生儿的健康权益，通过早期筛查和干预，预防和减少新生儿遗传代谢性疾病的发生。

在服务流程方面，新生儿疾病筛查应当遵循“知情同意”的原则。这意味着，在对新生儿实施疾病筛查前，接产医疗机构需要向新生儿的监护人详细解释筛查的有关规定、目的意义、筛查项目等情况，并取得其理解和同意。只有在监护人签署《新生儿疾病筛查知情同意书》后，医疗机构才能对婴儿进行血样标本采集。

关于采血和检测的具体操作，医疗机构也有严格的规定。例如，采血应当在婴儿出生72小时充分哺乳后进行，按照《新生儿遗传代谢性疾病筛查采血技术规范》的规定进行采血，并制成血样标本。这些血样标本需要妥善保存，并按照规定的时间递送至指定的检测机构进行检测。

然而，值得注意的是，虽然医院给新生儿采血样进行疾病筛查是合法的，但医疗机构在操作过程中必须严格遵守相关规定。如果医疗机构未按照规范进行操作，如采集后递送时间超过规定时限、未对特定新生儿实施必要的预防性治疗及检测等，就可能面临行政处罚。例如，赣南妇婴医院就曾因未严格遵守诊疗相关规范，包括新生儿疾病筛查的递送时间超时等问题，被相关部门进行了通报批评、警告并罚款。

因此，作为新生儿的监护人，您有权了解并同意新生儿疾病筛查的相关事宜，并有权监督医疗机构是否按照规范进行操作。如果您对医疗机构的操作有任何疑问或不满，可以向相关部门进行举报投诉。

总的来说，医院给新生儿采血样进行疾病筛查是合法的，但必须严格遵守相关法律法规和操作规范，以保障新生儿的健康权益。