当航次租船合同被确认无效后，涉及的纠纷所适用的时效期间主要取决于纠纷的具体性质以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、一般规定下的时效期间
货物运输纠纷：
- 如果航次租船合同下的纠纷主要涉及货物运输，且该纠纷与海上货物运输向承运人要求赔偿的请求权相关，那么根据《中华人民共和国海商法》及相关司法解释，此类纠纷的诉讼时效期间为一年。这一时效期间自承运人交付或者应当交付货物之日起计算。
其他租船合同相关请求：
- 对于航次租船合同中除货物运输外的其他请求，如租金支付、船舶使用等纠纷，若法律无特别规定，则适用《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的一般规定。根据《民法典》，这类纠纷的诉讼时效期间一般为三年。但需注意，具体时效可能因合同条款或案件具体情况而有所不同。
二、时效的中断与重新计算
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因特定情形（如不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等）不能行使请求权的，诉讼时效会中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
- 诉讼时效也可能因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间会重新计算。
三、特殊规定下的时效期间
滞期费索赔：
- 在定期租船合同（虽非航次租船合同，但相关原则可参考）中，滞期费的索赔通常被视为与装卸时间紧密相关的事项。其诉讼时效往往与航次租船合同中的滞期费索赔时效相似，可能受到一年诉讼时效的限制。但具体时效可能因合同条款或司法实践的不同而有所差异。
光船租赁合同纠纷：
- 光船租赁合同下的纠纷，如船舶损坏、租金支付等，其诉讼时效可能因案件具体情况而有所不同。一般来说，若涉及船舶物权变动或侵权纠纷，可能适用更长的诉讼时效；若仅涉及合同纠纷，则可能适用一般合同纠纷的诉讼时效规定。
涉外租船合同纠纷：
- 在处理涉外租船合同纠纷时，需考虑国际公约与国内法的衔接问题。如《海牙维斯比规则》、《汉堡规则》等国际公约对海上货物运输合同的诉讼时效有明确规定，但这些公约的适用范围和效力可能因国家而异。因此，在具体案件中，需根据案件事实和法律规定确定适用的法律。
四、实务建议
及时审查合同条款：
- 在签订航次租船合同时，应仔细审查合同条款中关于诉讼时效的规定，确保自身权益得到充分保障。
保留证据材料：
- 在合同履行过程中，应注意保留与纠纷相关的证据材料，以便在需要时能够证明自己的主张。
关注时效变化：
- 应密切关注诉讼时效的变化情况，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
综上所述，航次租船合同被确认无效后涉及的纠纷所适用的时效期间，主要取决于纠纷的具体性质以及相关法律法规的规定。在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。