核心结论：员工主张公司退回扣工资用于交社保的款项，诉讼时效一般为三年，但具体需结合实际情况判断。

详细分析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。这意味着，在一般情况下，员工主张公司退回不当扣款的诉讼时效为三年。

2. 诉讼时效的起算点：

   • 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在员工被扣工资用于交社保的情境中，诉讼时效可能从员工发现公司扣款行为不当或应当发现之日起算。例如，如果员工在收到工资条时发现被扣除了不合理的社保费用，并且确认公司未按照法律规定为其缴纳社保，那么此时员工应当知道其权利受到了损害，诉讼时效即开始计算。

3. 特殊情况下的诉讼时效：

   • 如果员工在劳动关系存续期间因公司扣款行为提起劳动争议仲裁或诉讼，且仲裁或诉讼过程中涉及社保扣款问题，那么诉讼时效可能会因仲裁或诉讼程序的进行而中断或重新计算。
   • 另外，如果员工在离职后才发现公司扣款行为不当，且离职时间距离发现时间超过三年，但员工能证明在离职前或离职时因公司原因无法知道或应当知道权利受到损害的，诉讼时效可能会有所延长或存在其他特殊情况。不过，这种情况下的诉讼时效问题较为复杂，需具体分析。

4. 建议：

   • 如果员工认为公司扣款行为不当，且希望主张退回款项，建议尽快收集相关证据（如工资条、社保缴纳记录、劳动合同等），并在诉讼时效期间内提起劳动争议仲裁或诉讼。
   • 如果员工对诉讼时效问题存在疑问或不确定如何计算，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。