在建工程在查封后，一般不可以进行建筑物抵押权登记。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
法律角度
查封的法律效力：
- 查封是司法机关对财产采取的一种强制措施，旨在限制财产的处分权，以确保将来判决的执行。一旦财产被查封，其处分权即受到限制，包括转让、抵押等。
抵押权登记的前提：
- 抵押权登记是抵押权设立的必要程序，它要求抵押物必须具有可处分性。如果抵押物已被查封，其处分权受到限制，因此无法进行抵押权登记。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定，被查封的财产不得设定抵押。这是为了保护债权人的利益，防止债务人通过设定抵押来逃避债务执行。
实际操作角度
登记机构的审查义务：
- 登记机构在办理抵押权登记时，有义务对抵押物的权属状况进行审查。如果发现抵押物已被查封，登记机构将拒绝办理抵押权登记。
抵押权设立的无效性：
- 即使债务人或第三人试图在查封后设立抵押权，该抵押权也是无效的。因为查封已经限制了抵押物的处分权，任何违反这一限制的行为都是无效的。
特殊情况与例外
查封前的抵押权：
- 如果在建工程在查封前已经设立了抵押权，并且该抵押权已经依法登记，那么该抵押权在查封后仍然有效。但需要注意的是，查封可能会影响抵押权的实现方式，如拍卖、变卖等。
法院许可的抵押：
- 在极少数情况下，如果法院认为设立抵押权有利于债务的清偿或保护其他债权人的利益，可能会许可债务人在查封后设立抵押权。但这种情况非常特殊，需要法院的明确许可，并且必须符合相关法律法规的规定。
法律建议
- 对于债权人：在接受抵押物时，务必对抵押物的权属状况进行充分调查，确保抵押物未被查封或存在其他权利限制。
- 对于债务人：应遵守法律法规的规定，不得在查封后擅自设立抵押权或进行其他处分行为。否则，将可能面临法律责任和信用损失。
综上所述，在建工程在查封后一般不可以进行建筑物抵押权登记。这是为了保护债权人的利益和维护司法秩序的稳定。如果您有任何关于债务债权或房产抵押方面的法律问题，可以直接向我咨询。