结论：在合同明确约定需提交格式申请付款资料而未提交的情况下，付款方通常有权拒绝付款，但具体还需结合合同条款、交易习惯及公平原则等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的明确约定
合同自治原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，合同内容由当事人约定。若合同中明确约定了提交格式申请付款资料作为付款的前提条件，那么这一条款对双方均具有法律约束力。
违约责任：若一方未按照合同约定履行义务，即未提交格式申请付款资料，则构成违约。在此情况下，付款方有权依据合同条款拒绝付款，并可能要求违约方承担违约责任，如赔偿损失等。
二、交易习惯与公平原则
交易习惯：在商业实践中，提交格式申请付款资料往往被视为一种交易习惯，有助于确保付款流程的规范性和准确性。若合同未明确约定，但双方长期形成的交易习惯中包含了这一要求，那么付款方在对方未提交时拒绝付款，也可能被视为合理。
公平原则：在判断付款方是否有权拒绝付款时，还需考虑公平原则。若因未提交格式申请付款资料而给付款方造成实质性损失或不便，且这种损失或不便无法通过其他方式得到合理补偿，那么付款方拒绝付款可能更符合公平原则。
三、特殊情况下的处理
格式条款的效力：若合同中的格式条款存在免除一方责任、加重对方责任、排除对方主要权利等情形，且未采取合理方式提请对方注意或进行说明的，那么该格式条款可能被认定为无效。在此情况下，付款方不能仅凭格式条款拒绝付款。
不可抗力或情势变更：若因不可抗力或情势变更导致一方无法提交格式申请付款资料，且该方已及时通知对方并采取合理措施防止损失扩大，那么付款方可能不得拒绝付款或需承担部分付款责任。
四、建议与风险提示
完善合同条款：为避免类似纠纷的发生，建议在合同中明确约定提交格式申请付款资料的具体要求、时间节点及违约责任等条款。
及时沟通协商：若因特殊情况无法按时提交格式申请付款资料，建议及时与付款方沟通协商，寻求解决方案，以避免不必要的法律纠纷。
保留证据：在交易过程中，建议双方均保留好相关证据，如合同、交易记录、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
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