针对您提出的“违反公司制度有哪些处罚”的问题，这实际上涉及两个层面：一是公司内部对员工违反制度的处罚，二是公司制定的制度若违反法律法规时，公司可能面临的外部行政处罚。我将分别就这两个层面进行详细解答。
一、公司内部对员工违反制度的处罚
公司内部通常会制定一系列规章制度来规范员工的行为，这些制度可能包括考勤制度、工作纪律、保密协议、行为规范等。当员工违反这些制度时，公司可能会根据制度的严重程度和员工的违规情况，采取以下一种或多种处罚措施：
口头警告：对于轻微的违规行为，公司可能会给予员工口头警告，提醒其注意并改正。
书面警告：对于较为严重的违规行为，或者口头警告后仍未改正的，公司可能会发出书面警告，明确指出违规事实、处罚依据和改正要求。
罚款：在某些情况下，公司可能会根据制度规定对员工进行罚款，但罚款的金额和方式需符合相关法律法规的规定，不能随意设定。
降职降薪：对于严重违反公司制度或造成重大损失的员工，公司可能会考虑降职降薪的处罚措施。
解除劳动合同：在员工严重违反公司制度、造成重大损失或构成违法犯罪的情况下，公司有权解除与员工的劳动合同。
二、公司制度违反法律法规时公司可能面临的外部行政处罚
如果公司制定的内部管理规章制度违反了法律、法规的规定，那么公司可能会面临来自劳动行政部门的行政处罚。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，处罚措施主要包括：
警告：劳动行政部门会对违反法律法规的公司给予警告，并责令其改正。
责令改正：公司需在规定期限内对违规制度进行修改和完善，以确保其符合法律法规的要求。
赔偿责任：如果公司的违规制度给劳动者造成了损害，公司还需承担相应的赔偿责任。
此外，如果劳动行政部门或有关部门的工作人员在执法过程中滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任；不构成犯罪的，给予行政处分。
总结与建议
对于员工而言，应严格遵守公司的规章制度，避免违规行为带来的不利后果。对于公司而言，应确保制定的内部管理规章制度符合法律法规的要求，避免因此面临的行政处罚和法律责任。如果公司发现自身制度存在违规情况，应及时进行修改和完善，以确保合规运营。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。